Scatterplot con contorno / sovrapposizione di calore

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Ho visto questa trama nel supplemento di un recente articolo e mi piacerebbe essere in grado di riprodurla usando R. È un diagramma a dispersione, ma per correggere la sovrapposizione ci sono linee di contorno che sono "calore" di colore da blu a rosso corrispondenti al densità di sovrapposizione. Come lo farei?

inserisci qui la descrizione dell'immagine

r data-visualization scatterplot

— Stephen Turner
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Queste domande StackOverflow mostrano un paio di opzioni di ggplot2 per questo tipo di trama, incluso il diagramma a dispersione + punti.

— joran,

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Ecco la mia opinione, usando le funzioni di base solo per disegnare cose:

library(MASS)  # in case it is not already loaded 
set.seed(101)
n <- 1000
X <- mvrnorm(n, mu=c(.5,2.5), Sigma=matrix(c(1,.6,.6,1), ncol=2))

## some pretty colors
library(RColorBrewer)
k <- 11
my.cols <- rev(brewer.pal(k, "RdYlBu"))

## compute 2D kernel density, see MASS book, pp. 130-131
z <- kde2d(X[,1], X[,2], n=50)

plot(X, xlab="X label", ylab="Y label", pch=19, cex=.4)
contour(z, drawlabels=FALSE, nlevels=k, col=my.cols, add=TRUE)
abline(h=mean(X[,2]), v=mean(X[,1]), lwd=2)
legend("topleft", paste("R=", round(cor(X)[1,2],2)), bty="n")

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Per un rendering più elaborato, potresti dare un'occhiata a ggplot2 e stat_density2d(). Un'altra funzione che mi piace è smoothScatter():

smoothScatter(X, nrpoints=.3*n, colramp=colorRampPalette(my.cols), pch=19, cex=.8)

inserisci qui la descrizione dell'immagine

— CHL
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Sarebbe bello se si potesse controllare il diagramma di contorno per includere quantili / percentili / decili specificati (o cosa hai).

— Roman Luštrik,

Incredibile, sto cercando smth così da molto tempo, trama di buona qualità

— WAF

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Nessuno ha suggerito ggplot2 per questo ??

library(MASS)
library(ggplot2)
n <- 1000
x <- mvrnorm(n, mu=c(.5,2.5), Sigma=matrix(c(1,.6,.6,1), ncol=2))
df = data.frame(x); colnames(df) = c("x","y")

commonTheme = list(labs(color="Density",fill="Density",
                        x="RNA-seq Expression",
                        y="Microarray Expression"),
                   theme_bw(),
                   theme(legend.position=c(0,1),
                         legend.justification=c(0,1)))

ggplot(data=df,aes(x,y)) + 
  geom_density2d(aes(colour=..level..)) + 
  scale_colour_gradient(low="green",high="red") + 
  geom_point() + commonTheme

Che produce quanto segue:

Tuttavia, anche altre cose possono essere fatte abbastanza facilmente, come le seguenti:

ggplot(data=df,aes(x,y)) + 
  stat_density2d(aes(fill=..level..,alpha=..level..),geom='polygon',colour='black') + 
  scale_fill_continuous(low="green",high="red") +
  geom_smooth(method=lm,linetype=2,colour="red",se=F) + 
  guides(alpha="none") +
  geom_point() + commonTheme

Che produce quanto segue:

— ADP
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