Risorse per l'apprendimento della catena Markov e dei modelli Markov nascosti

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Sto cercando risorse (tutorial, libri di testo, webcast, ecc.) Per conoscere Markov Chain e HMM. Il mio background è di biologo e attualmente sono coinvolto in un progetto relativo alla bioinformatica.

Inoltre, quali sono le basi matematiche necessarie di cui ho bisogno per avere una comprensione sufficiente dei modelli e degli HMM Markov?

Mi sono guardato intorno usando Google ma, finora non ho ancora trovato un buon tutorial introduttivo. Sono sicuro che qualcuno qui lo sappia meglio.

references  markov-process  hidden-markov-model  bioinformatics 
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Probabilmente dovresti rendere il tuo post un wiki della comunità poiché non esiste una risposta corretta.
— csgillespie,
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L'ho appena convertito.

Risposte:

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Ecco alcuni tutorial (disponibili come PDF):

  1. Dugad e Desai, un tutorial sui modelli di markov nascosti
  2. Valeria De Fonzo1, Filippo Aluffi-Pentini2 e Valerio Parisi (2007). Modelli nascosti di Markov in bioinformatica . Bioinformatica attuale , 2 , 49-61.
  3. Smith, K. Hidden Markov Modelli in Bioinformatica con applicazione alla ricerca genica nel DNA umano

Dai un'occhiata anche ai tutorial su Bioconduttore .

Presumo che tu voglia risorse gratuite; altrimenti, la Bioinformatica di Polanski e Kimmel (Springer, 2007) offre una bella panoramica (§2,8-2,9) e applicazioni (Parte II).

— chl
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È abbastanza sorprendente vedere che nessuna delle risposte menziona il tutorial di Rabiner sugli HMM.

Mentre l'implementazione pratica (l'ultima parte del documento) è focalizzata sul riconoscimento vocale, questo documento è probabilmente il più comunemente citato nella letteratura HMM, grazie alla sua natura chiara e ben presentata.

Inizia introducendo catene markov e poi passa agli HMM.

— Zhubarb
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Per le applicazioni bioinformatiche, il testo classico sugli HMM sarebbe Durbin, Eddy, Krough & Michison, " Analsysis di sequenza biologica - Modelli probabilistici di proteine ​​e acidi nucleici", Cambridge University Press, 1998, ISBN 0-521-62971-3. È tecnico, ma molto chiaro e l'ho trovato molto utile.

Per MCMC c'è un recente (versione di un) libro di Robert e Casella, " Presentazione dei metodi Monte Carlo con R" , Springer, che sembra buono, ma non ho ancora avuto la possibilità di leggerlo (usa R per esempi, che è un buon modo per imparare, ma prima devo imparare R; o)

— Dikran Marsupial
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Ecco alcune note di Ramon van Handel a Princeton:

Questo corso è un'introduzione ad alcuni dei metodi matematici, statistici e computazionali di base per i modelli nascosti di Markov.

La prima sezione include una bella serie di applicazioni di MMG in biologia, finanza, ...

— Rodrigo de Azevedo
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Ecco una bella introduzione interattiva alle catene di Markov http://setosa.io/ev/markov-chains/

— Galina Alperovich
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Poiché la domanda richiede risorse per l'apprendimento delle catene di Markov, qui è appropriato un collegamento a un tutorial: questo è uno dei casi in cui non ci aspetteremmo che la tua risposta sia autonoma e tenteremo di riassumere completamente il contenuto del collegamento - ma sarebbe molto meglio se si potesse accompagnare il collegamento con un po 'di descrizione su ciò che copre questa risorsa, ad esempio a quale livello è lanciato (eventuali prerequisiti matematici?) e quali argomenti copre.
— Silverfish
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