Interpolazione dei dati sull'influenza che conserva la media settimanale

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Ho trovato un documento che descrive esattamente la procedura di cui ho bisogno. L'unica differenza è che il documento interpola i dati medi mensili a quelli giornalieri, preservando al contempo le medie mensili. Ho difficoltà a implementare l'approccio R. Eventuali suggerimenti sono apprezzati.

Originale

Per ogni settimana, ho i seguenti dati di conteggio (un valore a settimana):

Numero di consultazioni mediche
Numero di casi di influenza

Il mio obiettivo è quello di ottenere dati giornalieri per interpolazione (ho pensato a spline lineari o troncate). L'importante è che voglio conservare la media settimanale, ovvero la media dei dati interpolati giornalieri dovrebbe essere uguale al valore registrato di questa settimana. Inoltre, l'interpolazione dovrebbe essere regolare. Un problema che potrebbe sorgere è che una determinata settimana ha meno di 7 giorni (ad esempio all'inizio o alla fine di un anno).

Sarei grato per un consiglio in merito.

Molte grazie.

Ecco un set di dati di esempio per l'anno 1995 ( aggiornato ):

structure(list(daily.ts = structure(c(9131, 9132, 9133, 9134, 
9135, 9136, 9137, 9138, 9139, 9140, 9141, 9142, 9143, 9144, 9145, 
9146, 9147, 9148, 9149, 9150, 9151, 9152, 9153, 9154, 9155, 9156, 
9157, 9158, 9159, 9160, 9161, 9162, 9163, 9164, 9165, 9166, 9167, 
9168, 9169, 9170, 9171, 9172, 9173, 9174, 9175, 9176, 9177, 9178, 
9179, 9180, 9181, 9182, 9183, 9184, 9185, 9186, 9187, 9188, 9189, 
9190, 9191, 9192, 9193, 9194, 9195, 9196, 9197, 9198, 9199, 9200, 
9201, 9202, 9203, 9204, 9205, 9206, 9207, 9208, 9209, 9210, 9211, 
9212, 9213, 9214, 9215, 9216, 9217, 9218, 9219, 9220, 9221, 9222, 
9223, 9224, 9225, 9226, 9227, 9228, 9229, 9230, 9231, 9232, 9233, 
9234, 9235, 9236, 9237, 9238, 9239, 9240, 9241, 9242, 9243, 9244, 
9245, 9246, 9247, 9248, 9249, 9250, 9251, 9252, 9253, 9254, 9255, 
9256, 9257, 9258, 9259, 9260, 9261, 9262, 9263, 9264, 9265, 9266, 
9267, 9268, 9269, 9270, 9271, 9272, 9273, 9274, 9275, 9276, 9277, 
9278, 9279, 9280, 9281, 9282, 9283, 9284, 9285, 9286, 9287, 9288, 
9289, 9290, 9291, 9292, 9293, 9294, 9295, 9296, 9297, 9298, 9299, 
9300, 9301, 9302, 9303, 9304, 9305, 9306, 9307, 9308, 9309, 9310, 
9311, 9312, 9313, 9314, 9315, 9316, 9317, 9318, 9319, 9320, 9321, 
9322, 9323, 9324, 9325, 9326, 9327, 9328, 9329, 9330, 9331, 9332, 
9333, 9334, 9335, 9336, 9337, 9338, 9339, 9340, 9341, 9342, 9343, 
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9443, 9444, 9445, 9446, 9447, 9448, 9449, 9450, 9451, 9452, 9453, 
9454, 9455, 9456, 9457, 9458, 9459, 9460, 9461, 9462, 9463, 9464, 
9465, 9466, 9467, 9468, 9469, 9470, 9471, 9472, 9473, 9474, 9475, 
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9487, 9488, 9489, 9490, 9491, 9492, 9493, 9494, 9495), class = "Date"), 
    wdayno = c(0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 
    5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 
    6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 
    0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 
    1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 
    2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 
    3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 
    4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 
    5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 
    6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 
    0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 
    1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 
    2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 
    3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 
    4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 
    5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 
    6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 
    0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 
    1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 
    2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 
    3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 
    4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 
    5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 
    6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 
    0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 0L), month = c(1, 1, 1, 1, 1, 
    1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 
    1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 
    2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 
    3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 
    3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 
    4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 
    4, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 
    5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 6, 6, 6, 6, 6, 6, 
    6, 6, 6, 6, 6, 6, 6, 6, 6, 6, 6, 6, 6, 6, 6, 6, 6, 6, 6, 
    6, 6, 6, 6, 6, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 
    7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 7, 8, 8, 
    8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 
    8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 
    9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 9, 
    9, 9, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 
    10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 
    10, 10, 10, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 
    11, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 11, 
    11, 11, 11, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 
    12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 12, 
    12, 12, 12, 12), year = c(1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 
    1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 
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    1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 
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    1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 
    1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 
    1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 
    1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 
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    1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 
    1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 
    1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 
    1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 
    1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995, 1995), yearday = 0:364, 
    no.influ.cases = c(NA, NA, NA, 168L, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, 199L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 214L, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, 230L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 267L, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, 373L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 387L, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, 443L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 579L, NA, NA, NA, NA, NA, 
    NA, 821L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1229L, NA, NA, NA, NA, 
    NA, NA, 1014L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 831L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 648L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 257L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 203L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 137L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 78L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 82L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 69L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 45L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 51L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 45L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 63L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 55L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 54L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 52L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 27L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 24L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 12L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 10L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 22L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 42L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 32L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 52L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 82L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 95L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 91L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 104L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 143L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 114L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 100L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 83L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 113L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 145L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 175L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 222L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 258L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 384L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 755L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 976L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 879L, NA, NA, NA, NA), no.consultations = c(NA, 
    NA, NA, 15093L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 20336L, NA, NA, NA, 
    NA, NA, NA, 20777L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 21108L, NA, NA, 
    NA, NA, NA, NA, 20967L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 20753L, NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA, 18782L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 19778L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 19223L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 21188L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 22172L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 21965L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 21768L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 21277L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 16383L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 15337L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 19179L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 18705L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 19623L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 19363L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 16257L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 19219L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 17048L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 19231L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 20023L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 19331L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 18995L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 16571L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 15010L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 13714L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 10451L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 14216L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 16800L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 18305L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 18911L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 17812L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 18665L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 18977L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 19512L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 17424L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 14464L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 16383L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 19916L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 18255L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 20113L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 20084L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 20196L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 20184L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 20261L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 22246L, 
    NA, NA, NA, NA, NA, NA, 23030L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 10487L, 
    NA, NA, NA, NA)), .Names = c("daily.ts", "wdayno", "month", 
"year", "yearday", "no.influ.cases", "no.consultations"), row.names = c(NA, 
-365L), class = "data.frame")

r time-series interpolation

— COOLSerdash
fonte

4

Questa domanda richiede una versione unidimensionale dell'interpolazione area-punto , che è abbastanza ben studiata nel settore minerario. L'abstract referenziato osserva esplicitamente che i metodi geostatistici producono "previsioni coerenti (che preservano la massa ...)". Credo che questi approcci superino le obiezioni sollevate da @Nick Cox.

— whuber

@whuber Grazie per il riferimento, non ero a conoscenza del fatto che questo tipo di problema è ben noto in geostatistica. Sei a conoscenza di implementazioni di tali metodi in Ro altri pacchetti statistici (non ho accesso ad ArcGIS)? Senza un'implementazione concretamente disponibile, sono ancora bloccato, temo.

— COOLSerdash

2

Credo che ciò possa essere fatto usando il codice in geoRglm, a condizione che tu abbia un'ottima conoscenza della variografia e del cambiamento di supporto (che è necessario per sviluppare il modello di correlazione spaziale). Il manuale è pubblicato da Springer Verlag come Model-Based Geostatistics, Diggle & Ribeiro Jr.

— whuber

3

La suddivisione dei dati raggruppati è una procedura comune in demografia. Un termine di ricerca è "interpolazione Sprague"; ti porterà a molte varianti. Adattando una spline di quinto grado ai valori cumulativi in modo tale da assicurare una curva monotonica, questo metodo e le sue varianti riducono efficacemente i dati raggruppati. (Esiste dal 1880.) Il termine generico è "interpolazione osculatoria". Rob Hyndman, tra gli altri, ha scritto su questo argomento: vedi Smith, Hyndman e Wood, Interpolazione spline per variabili demografiche: il problema della monotonia, J. Pop. Res. 21 n. 1 (2004), 95-98.

— whuber

2

La tua domanda può anche essere vista come mappatura dasimetrica in una dimensione. Questa è una procedura per produrre mappe dettagliate delle quantità che sono state misurate a un certo livello aggregato, come le unità di censimento standard. (Può essere fatto risalire almeno al 1936: vedi John K. Wright, Un metodo di mappatura delle densità della popolazione: con Cape Cod come esempio. Revisione geografica 26: 1 (gennaio 1936), pp 103-110.) Per un approccio recente (un po ' ad hoc , ma con una breve bibliografia utile) vedi giscience.org/proceedings/abstracts/giscience2012_paper_179.pdf .

— whuber

8

Sono riuscito a creare una Rfunzione che interpola i punti a spaziatura uniforme in modo lineare e con spline preservando i mezzi (ad esempio settimanali, mensili, ecc.). Utilizza le funzioni na.approxe na.splinedal zoopacchetto e calcola iterativamente le spline con le proprietà desiderate. L'algoritmo è descritto in questo documento .

Ecco il codice:

interpol.consmean <- function(y, period=7, max.iter=100, tol=1e-4, plot=FALSE) {

  require(zoo)

  if( plot == TRUE ) {
    require(ggplot2)
  }

  y.temp.linear <- matrix(NA, ncol=length(y), nrow=max.iter+1)
  y.temp.linear[1, ] <- y

  y.temp.spline <- y.temp.linear

  y.temp.pred.spline <- matrix(NA, ncol=length(y), nrow=max.iter)
  y.temp.pred.linear <- matrix(NA, ncol=length(y), nrow=max.iter)

  ind.actual <- which(!is.na(y))

  if ( !all(diff(ind.actual)[1]== diff(ind.actual)) ) {
    stop("\"y\" must contain an evenly spaced time series")
  }

  partial <- ifelse((length(y) - ind.actual[length(ind.actual)]) < period/2,
                    TRUE, FALSE)

  for(k in 1:max.iter) {

    y.temp.pred.linear[k,] <- na.approx(y.temp.linear[k, ], na.rm=FALSE, rule=2)
    y.temp.pred.spline[k,] <- na.spline(y.temp.spline[k, ], method="fmm")

    interpol.means.linear <- rollapply(y.temp.pred.linear[k,], width=period, mean,
                                       by=period, align="left", partial=partial) 
    interpol.means.splines <- rollapply(y.temp.pred.spline[k,], width=period, mean,
                                        by=period, align="left", partial=partial) 

    resid.linear <- y.temp.linear[k, ][ ind.actual ] - interpol.means.linear
    resid.spline <- y.temp.spline[k, ][ ind.actual ] - interpol.means.splines

    if ( max(resid.linear, na.rm=TRUE) < tol & max(resid.spline, na.rm=TRUE) < tol ){
      cat("Converged after", k, "iterations with tolerance of", tol, sep=" ")
      break
    }

    y.temp.linear[k+1, ][!is.na(y.temp.linear[k, ])] <-  resid.linear
    y.temp.spline[k+1, ][!is.na(y.temp.spline[k, ])] <-  resid.spline

  }  

  interpol.linear.final <- colSums(y.temp.pred.linear, na.rm=TRUE)
  interpol.spline.final <- colSums(y.temp.pred.spline, na.rm=TRUE)

  if ( plot == TRUE ) {

    plot.frame <- data.frame(
      y=rep(y,2)/7,
      x=rep(1:length(y),2),
      inter.values=c(interpol.linear.final, interpol.spline.final)/7,
      method=c(rep("Linear", length(y)), rep("Spline", length(y)))
    )

    p <- ggplot(data=plot.frame, aes(x=x)) +
      geom_point(aes(y=y, x=x), size=4) +
      geom_line(aes(y=inter.values, color=method), size=1) +
      ylab("y") +
      xlab("x") +
      theme(axis.title.y =element_text(vjust=0.4, size=20, angle=90)) +
      theme(axis.title.x =element_text(vjust=0, size=20, angle=0)) +
      theme(axis.text.x =element_text(size=15, colour = "black")) +
      theme(axis.text.y =element_text(size=17, colour = "black")) +
      theme(panel.background =  element_rect(fill = "grey85", colour = NA),
            panel.grid.major =  element_line(colour = "white"),
            panel.grid.minor =  element_line(colour = "grey90", size = 0.25))+
      scale_color_manual(values=c("#377EB8", "#E41A1C"), 
                         name="Interpolation method",
                         breaks=c("Linear", "Spline"),
                         labels=c("Linear", "Spline")) +
      theme(legend.position="none") +
      theme(strip.text.x = element_text(size=16)) +
      facet_wrap(~ method)

    suppressWarnings(print(p))

  }
  list(linear=interpol.linear.final, spline=interpol.spline.final)
}

Applichiamo la funzione al set di dati di esempio fornito nella domanda:

interpolations <- interpol.consmean(y=dat.frame$no.influ.cases, period=7,
                                    max.iter = 100, tol=1e-6, plot=TRUE)

interpolazioni

Le interpolazioni sia lineari che spline sembrano soddisfacenti. Controlliamo se i mezzi settimanali sono conservati (output troncato):

cbind(dat.frame$no.influ.cases[!is.na(dat.frame$no.influ.cases)],
      rollapply(interpolations$linear, 7, mean, by=7, align="left", partial=F))

      [,1] [,2]
 [1,]  168  168
 [2,]  199  199
 [3,]  214  214
 [4,]  230  230
 [5,]  267  267
 [6,]  373  373
 [7,]  387  387
 [8,]  443  443
 [9,]  579  579
[10,]  821  821
[11,] 1229 1229

— COOLSerdash
fonte

1

Dovresti trovare un pacchetto appropriato per questo e chiedere al manutentore se vogliono includerlo.

— Spacedman

4

Qualsiasi linea retta che attraversa la media nel punto medio dell'intervallo produrrà valori giornalieri che hanno la media richiesta. L'ultimo commento di Nick Cox su "dividere i conteggi settimanali per numero di giorni" è un caso speciale di quello con gradiente = 0.

Quindi possiamo regolare questo e scegliere il gradiente per rendere le cose forse un po 'più fluide. Ecco tre funzioni R per fare qualcosa del genere:

interpwk <- function(x,y,delta){
  offset=-3:3
  yout=y+delta*offset
  xout=x+offset
  cbind(xout,yout)
}

get_delta <- function(x,y,pos){
  (y[pos+1]-y[pos-1])/(x[pos+1]-x[pos-1])
}

#' get slope from neighbours
interpall <- function(x,y,delta1,f=1){
  for(i in 2:(length(x)-1)){
    delta=get_delta(x,y,i)
    xyout=interpwk(x[i],y[i],delta/f)
    points(xyout)
  }
}

Aggiungi una misura del giorno ai tuoi dati, quindi traccia e quindi traccia l'interpolatore:

> data$day=data$week*7
> plot(data$day,data$no.influ.cases,type="l")
> interpall(data$day,data$no.influ.cases,f=1)

interpolatore lineare che preserva la media

Un'altra possibilità è quella di limitare la continuità nei fine settimana, ma questo ti dà un sistema con un solo grado di libertà - cioè è completamente definito dalla pendenza della prima sezione (perché poi tutte le altre sezioni devono unirsi). Non ho codificato questo: ci provi!

[Si scusa per il codice R leggermente squallido, dovrebbe davvero restituire i punti piuttosto che tracciarli]

— Spacedman
fonte

+1, grazie. Il problema è che i valori interpolati non sono uniformi e ci sono passaggi piuttosto bruschi tra le settimane. Ho modificato la mia domanda includendo un articolo che sostanzialmente spiega esattamente l'approccio di cui ho bisogno.

— COOLSerdash

Qual è lo scopo qui? Perché presumere che i casi di influenza possano variare senza problemi? Più struttura si inserisce in questi dati per interpolazione, più tale struttura introdotta dovrà essere districata in una fase di modellazione. Non credo che tu abbia indirizzato il mio commento del 19 maggio "Il soffio di dati settimanali su dati giornalieri crea solo problemi con la dipendenza introdotta e gradi di libertà selvaggiamente troppo ottimisti che comprometteranno l'adattamento e la valutazione del modello".

— Nick Cox,

Vincolare alla media è però sbagliato. La media che vedi qui è una media di esempio ed è soggetta a variazioni statistiche in qualche modo. Evoca un modello, quindi utilizza un interpolatore che ha la media come aspettativa, quindi esegui più imputazioni dei dati giornalieri ed esegui la tua analisi centinaia o più volte per capire come questa incertezza influenzi le tue conclusioni.

— Spacedman

1

@Spacedman I metodi API geostatistici a cui ho fatto riferimento (in un commento alla domanda) gestiranno la tua (abbastanza valida) obiezione con aplomb, per mezzo di un componente diverso da zero nel parametro nugget variogram. Le simulazioni condizionali geostatistiche sono un metodo controllato per eseguire le imputazioni multiple a cui si fa riferimento.

— whuber

2

Assolutamente. Sembra che tu abbia una situazione unidimensionale che è quasi esattamente come un esempio corrente nel manuale Diggle & Ribeiro per geoRglm (casi di malaria in Gambia, in prossimità di paludi, ecc., Come covariate). La principale complicazione è gestire il cambiamento di supporto, ma ciò non influirebbe realmente sulla previsione: influenzerebbe principalmente la stima del variogramma. Vedi ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2995922 per alcune teorie ed esempi simili ("kriging binomiale" dei casi di malattia).

— whuber

3

Penso che dal momento che hai a che fare con i conteggi, potresti modellare i conteggi giornalieri come multinomiali, con $n$ essendo il totale per la settimana; è possibile eseguire il livellamento della spline nei GLM.

(Se i dati fossero stati misurazioni piuttosto che conteggi, mi spingerei a modellare le proporzioni tramite un modello di Dirichlet, ma è leggermente più coinvolto.)

Il fatto che il numero di giorni non sia sempre lo stesso non dovrebbe essere un problema particolare, purché tu sappia di cosa si tratta - purché utilizzi un offset per mettere le cose allo stesso "livello".

— Glen_b -Restate Monica
fonte

1

Correggimi se sbaglio, ma penso che questo abbia la domanda al contrario. Non è come regolare i conteggi giornalieri; è come indovinare i conteggi giornalieri dai dati settimanali. (Presumibilmente il poster contiene dati giornalieri per qualcos'altro, ad esempio le temperature.) A parte questo, come è questo multinomiale o Dirichlet? A me sembra più un Poisson.

— Nick Cox,

@NickCox Hai assolutamente ragione, grazie per il chiarimento: ho dati settimanali e desidero dati giornalieri perché ne ho altri ogni giorno (ad esempio variabili meteorologiche, mortalità, inquinamento atmosferico ecc.).

— COOLSerdash,

3

La mia opinione sulla domanda è di chiedere perché vuoi farlo. Immagino, come sopra, che tu abbia alcuni dati giornalieri e desideri tutto sulla stessa base. In tal caso, considera una riduzione dei dati giornalieri a min, media, mediana, max per settimane o qualsiasi altra cosa abbia un senso scientifico. Il soffio di dati settimanali in dati giornalieri crea problemi con la dipendenza introdotta e gradi di libertà sfrenatamente ottimisti che comprometteranno l'adattamento e la valutazione del modello.

— Nick Cox,

@ Nick Cox è assolutamente "indovinante", ma sulle informazioni fornite sembra essere ciò che l'OP stava cercando.

— Glen_b

2

Un altro approccio conservativo è solo quello di dividere i conteggi settimanali per il numero di giorni. So che c'è un presupposto che il processo reale sarà più fluido di così, ma manterrà la media.

— Nick Cox,

3

Metterò insieme alcuni commenti extra come un'altra risposta.

Ci è voluto del tempo prima che la struttura di questo progetto diventasse più chiara. Dato che l'influenza viene ora rivelata come una covariata tra le varie, abbastanza quello con cui lo fai non sembra così cruciale, o almeno non meritare lo scetticismo espresso in alcuni dei miei precedenti commenti. Poiché tutto il resto è su base giornaliera, ridurre tutto il resto a settimane eliminerebbe troppi dettagli.

L'obiettivo originale della domanda rimane, sull'interpolazione che preserva la media settimanale a cui una risposta (estrema) è che la media settimanale preserva la media settimanale. Poiché ciò non sorprende che sembri poco attraente o irrealistico, altri metodi di interpolazione sembrano più attraenti e / o metodi di imputazione come proposti da @Spacedman. (Non so se sarebbe un'imputazione con un sapore temporale o interpolazione con un sapore stocastico aggiunto.)

Due ulteriori pensieri specifici:

Prendere in pratica i valori settimanali (divisi per il numero di giorni) e quindi attenuarli con le medie ponderate sarebbe probabilmente in pratica per preservare la media a una buona approssimazione.
Dato che i casi di influenza sono conteggi, il livellamento dei conteggi di root o dei registri e quindi la trasformazione indietro potrebbero funzionare meglio del semplice livellamento dei conteggi.

— Nick Cox
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