Impostazione di Sweave, R, Latex, Eclipse StatET [chiuso]

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Qualche giorno fa ho visto un post su come impostare uno SweaveR, che avrebbe permesso ad un utente di esportare direttamente cose come tabelle, grafici, ecc. In Latex. Non riuscivo proprio a seguire le indicazioni.

Qualcuno può dare istruzioni dettagliate su come farlo sia su Mac che su Windows?

r

— GKED
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Questa domanda non ha quasi nulla a che fare con le statistiche applicate o teoriche, e avrei votato per chiudere se non fossero già state fornite risposte (approfondite).

— chl

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@ chl dove andrebbero comunque queste domande? Ho trovato abbastanza difficile trovare riferimenti sull'impostazione di R, sweave e latex quando ho iniziato, quindi è per questo che ho risposto.

— richiemorrisroe,

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@richiemorrisroe Beh, almeno un rapido controllo su SO e Google sarebbe utile (IMHO). Non sto criticando la domanda stessa, solo il fatto che tali domande non sono realmente in linea con le FAQ del CV e le altre domande qui, ma potrei sbagliarmi. Ho valutato la tua risposta e quella di @ PaulHurleyuk, comunque. Immagino che questa domanda sarà mantenuta viva a causa delle tue risposte (anche se c'è già un voto da chiudere, che è stato anche il motivo del mio avvertimento).

— chl

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Uso Eclipse / StatEt per produrre documenti con Sweave e LaTex e trovo Eclipse perfetto come ambiente di editing. Posso consigliare le seguenti guide:

Guida pdf di Longhow Lam
Post di Jeromy Anglim (Nota che include informazioni sull'installazione del pacchetto RJ richiesto per le ultime versioni di StatEt.)

Uso anche MikTex su Windows e trovo che tutto funzioni davvero bene una volta installato. Ci sono anche alcune buone domande e risposte su Stack Overflow .

— PaulHurleyuk
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Per me, ho scoperto che Eclipse era eccessivo per la creazione di articoli scientifici. Quindi, per Windows, quello che ho fatto è stato il seguente: installare Miktex 2.8 (? Non sono sicuro della versione). Assicurati di installare Miktex in una directory come C: \ Miktex, poiché Latex odia i percorsi dei file con spazi. Assicurati di selezionare l'opzione per installare i pacchetti al volo.

Assicurati anche che R sia installato da qualche parte che Latex possa trovarlo, cioè in un percorso senza spazi. Ho installato TechNix Center come programma per scrivere documenti, ma ce ne sono molti altri come WinEdt, eclipse, texmaker o Emacs. Ora, assicurati di avere \ usepackage {Sweave} e usepackage {graphicx} nel tuo preambolo. Come sono sicuro che sai, devi inserire <> = all'inizio del tuo blocco R e terminarlo con @. Sarà necessario il pacchetto xtable o Hmisc per convertire gli oggetti R in un formato in lattice.

Mi piace xtable, ma probabilmente dovrai fare un po 'di giocoleria di oggetti per farlo in una forma che xtable accetterà (output lm, frame di dati, matrici). Quando inserisci una tabella assicurati di inserire l'opzione results = tex nel tuo preambolo per il pezzo di codice e, se hai bisogno di una figura, assicurati che sia presente anche l'opzione fig = TRUE. Puoi anche generare solo una cifra per blocco, quindi tienilo a mente. Qualcosa da stare molto attenti è che il codice R si trova all'estrema sinistra della pagina, come se fosse racchiuso in un ambiente, quindi verrà ignorato (mi ci è voluto molto tempo per capire).

Devi salvare il file come .Rnw - assicurati che qualunque programma tex che usi non aggiunga un .tex dopo questo, poiché ciò causerà problemi.

Quindi eseguire R CMD Sweave foo.Rnw dalla riga di comando oppure da R eseguire Sweave ("foo.Rnw"). Inevitabilmente fallirà ad un certo punto (specialmente se non l'hai mai fatto prima) quindi esegui il debug del tuo file .Rnw, risciacqua e ripeti.

Se è la prima volta che lo si fa, potrebbe essere più semplice codificare tutte le analisi R all'interno di r, quindi utilizzare le istruzioni di stampa per inserirle in LaTex. Tuttavia non lo consiglierei come una buona idea, come se scoprissi che il tuo file di dati presenta errori al termine di questa procedura (come ho fatto lo scorso fine settimana), dovrai eseguire nuovamente tutte le tue analisi, che se potessi correttamente dall'interno del lattice dall'inizio, può essere evitato.

Inoltre, i calcoli di Sweave possono richiedere del tempo, quindi potresti voler utilizzare il pacchetto R cacheSweave per salvare le analisi di riesecuzione. Apparentemente l'evidenziazione del pacchetto R consente la codifica a colori del codice R nei documenti, ma non l'ho usato.

Non ho mai usato latex o R su un Mac, quindi lascerò questa spiegazione a qualcun altro. Spero che sia di aiuto.

— richiemorrisroe
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RStudio (rstudio.org) rende le cose abbastanza facili supponendo che LaTeX sia già installato sul tuo sistema. C'è un pulsante PDF che esegue il codice attraverso Sweave, quindi lo esegue attraverso pdflatex e avvia un visualizzatore di pdf.

— Frank Harrell
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+1 Sono d'accordo. Sebbene non sia una risposta diretta alla domanda di GKED, penso che gli utenti che cercano strumenti come StatET siano spesso gli stessi di quelli che potrebbero beneficiare di RStudio (ovvero, non necessariamente gli utenti che si immergono in Emacs / ESS con gusto). Mentre R Studio e StatET offrono funzionalità simili, RStudio vince con la facilità delle puntate di configurazione.

— Jeromy Anglim,

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Ho installato questa suite abbastanza di recente e ho seguito le istruzioni come da istruzioni qui .

Sono disponibili collegamenti a tutti i componenti software richiesti. Uso MiKTex per tutti i componenti LaTex.

Ci sono alcune insidie se si prevede di utilizzare finestre a 64 bit in quanto è necessario il runtime java aggiuntivo a 64 bit. Questo è abbastanza facile da superare se vai su java.com in un IE a 64 bit e verifichi la tua installazione, ti indirizzerà al programma di installazione a 64 bit che è altrimenti difficile da trovare.

Per evitare di confondermi con le variabili del percorso, ho semplicemente estratto la cartella eclipse in C: \ Programmi, poiché è qui che vive java e 64-bit R. Da qui le opzioni di configurazione in eclipse possono essere facilmente eseguite automaticamente e trovare i parametri appropriati.

Spero che questo possa essere d'aiuto.

— John
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