Quale test statistico dovrebbe essere usato per testare l'arricchimento degli elenchi genici?

Ho eseguito un esperimento per testare la sensibilità cellulare a un determinato agente di danno del DNA. Abbiamo trovato 270 geni specificamente sensibili al farmaco e il numero totale di geni analizzati era 3668. 38 dei 270 geni sensibili sono classificati come "geni di riparazione del DNA". Se il numero di "geni di riparazione del DNA" contenuti nel genoma è 112 e il numero totale di geni nel genoma è 3668, l'arricchimento dei geni sensibili è nei geni di riparazione del DNA? Quale test statistico dovrebbe essere usato? Gradirei se potessi anche dirmi qualche strumento per calcolare il valore p online.

La pratica standard per verificare l'arricchimento degli elenchi genetici consiste nell'eseguire un test ipergeometrico o, equivalentemente, un test esatto di Fisher unilaterale . Hai la seguente tabella di contingenza :$2\times2$

È possibile eseguire il test Rcome segue:

fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")

Il che dà un risultato molto significativo:

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2) 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1 
95 percent confidence interval:
5.062107      Inf 
sample estimates:
odds ratio 
7.34918

Si noti che mentre stiamo testando la sovrarappresentazione (anziché la sottorappresentazione) il alternativeparametro è impostato su "greater".