Etichettatura di scatole in R


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Devo costruire un diagramma a scatole senza assi e aggiungerlo al diagramma corrente (curva ROC), ma devo aggiungere ulteriori informazioni di testo al diagramma a scatole: le etichette per min e max. La riga di codice corrente è sotto (anche grafico corrente).

Grazie mille per l'assistenza.

boxplot(data, horizontal = TRUE, range = 0, axes=FALSE, col = "grey", add = TRUE)

L'altra soluzione è aggiungere la linea da 0 a 1 (anziché l'asse x), ma voglio che passi attraverso la linea centrale ... ad esempio come questo grafico

inserisci qui la descrizione dell'immagine

Risposte:


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Penso che troverai che questo produce qualcosa come il tuo diagramma disegnato a mano.

data    <- c(0.4, 0.7, 0.75, 0.82, 0.9)
endaxis <- c(0, 1)  # endpoints of axis
datamm  <- c(min(data), max(data))
boxplot(data, horizontal = TRUE, range = 0, ylim = endaxis,
                    axes = FALSE, col = "grey", add = FALSE)
arrows(endaxis, 1,  datamm, 1,  code = 1, angle = 90, length = 0.1)
valuelabels <- c(endaxis[1], round(fivenum(data)[2], digits = 2) ,
                 round(fivenum(data)[4], digits = 2), endaxis[2]  ) 
text(x = valuelabels, y = c(1.05, 1.25, 1.25, 1.05), labels = valuelabels)

R boxplot con etichette di valore

Probabilmente ci sono modi migliori per farlo. Potrebbe essere necessario adattarlo per adattarlo al diagramma ROC, incluso il cambiamentoadd = FALSE


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Bene, la tua risposta sembra più vicina a quanto richiesto dall'OP (quindi ho +1). Tuttavia, ritengo che questo non sia più un diagramma a scatole, o almeno perda il suo interesse a individuare un possibile valore esterno. Da notare, è possibile personalizzare un po 'di più il boxplot (vedere gli parsargomenti per ridurne le proporzioni ( boxwex) e la dimensione dei baffi ( staplewex)).
chl

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Prova qualcosa del genere per una versione standalone:

bxp <- boxplot(rnorm(100), horizontal=TRUE, axes=FALSE)
mtext(c("Min","Max"), side=3, at=bxp$stats[c(1,5)], line=-3)

Si noti che è possibile ottenere alcune informazioni durante la chiamata boxplot, in particolare i "cinque numeri".

add=Tmtexttexty

Un esempio più completo è stato dato da John Maindonald (il codice dovrebbe essere sul suo sito Web):

inserisci qui la descrizione dell'immagine


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Boxplot ggplot2 completamente personalizzabile ...

#bootstrap
data <- data.frame(value=rnorm(100,mean = 0.5, sd = 0.2),group=0)
#processing
metaData <- ddply(data,~group,summarise,
            mean=mean(data$value),
			sd=sd(data$value),
            min=min(data$value),
			max=max(data$value),
            median=median(data$value),
			Q1=0,Q3=0
			)
bps <- boxplot.stats(data$value,coef=1.5) 
metaData$min <- bps$stats[1] #lower wisker
metaData$max <- bps$stats[5] #upper wisker
metaData$Q1 <- bps$stats[2] # 1st Quartile
metaData$Q3 <- bps$stats[4] # 3rd Quartile

#adding outliers
out <- data.frame() #initialising storage for outliers
if(length(bps$out) > 0){
	for(n in 1:length(bps$out)){
		pt <-data.frame(value=bps$out[n],group=0) 
		out<-rbind(out,pt) 
	}
}
#adding labels
labels <-data.frame(value=metaData$max, label="Upper bound")
labels <-rbind(labels,data.frame(value=metaData$min, label="Lower bound"))
labels <-rbind(labels,data.frame(value=metaData$median, label="Median"))
labels <-rbind(labels,data.frame(value=metaData$Q1, label="First quartile"))
labels <-rbind(labels,data.frame(value=metaData$Q3, label="Third quartile"))

#drawing
library(ggplot2)
p <- ggplot(metaData,aes(x=group,y=mean))
p <- p + geom_segment(aes(x=c(0.1,0,0.1),y=c(0,0,1),xend=c(0,0,-0.1),yend=c(0,1,1)))
p <- p + geom_text(aes(y=c(0,1),label=c(0,1),x=0.2))
p <- p + geom_errorbar(aes(ymin=min,ymax=max),linetype = 1,width = 0.5) #main range
p <- p + geom_linerange(aes(ymin=min,ymax=max),linetype = 1,width = 0, color="white")# white line range
p <- p + geom_linerange(aes(ymin=min,ymax=max),linetype = 2)    #main range dotted
p <- p + geom_crossbar(aes(y=median,,ymin=Q1,ymax=Q3),linetype = 1,fill='white') #box
if(length(out) >0) p <- p + geom_point(data=out,aes(x=group,y=value),shape=4) # drawning outliers if any
p <- p + scale_x_discrete(breaks=c(0))
p <- p + scale_y_continuous(name= "Value")
p <- p + geom_text(data=labels,aes(x=0.5,y=value,label=round(value,2)),colour="black",angle=0,hjust=0.5, vjust=0.5,size=3)

p <- p + opts(panel.background = theme_rect(fill = "white",colour = NA)) 
p <- p + opts(panel.grid.minor = theme_blank(), panel.grid.major = theme_blank())
p <- p + opts(axis.title.x=theme_blank())
p <- p + opts(axis.text.x = theme_blank())
p <- p + opts(axis.title.y=theme_blank())
p <- p + opts(axis.text.y = theme_blank())

p + coord_flip()

Risultato:

inserisci qui la descrizione dell'immagine

... il codice forse è un po 'brutto ma funziona nel modo giusto.


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Ecco la mia implementazione delle tue soluzioni. Ho deciso di non mappare il valore medio, non rimane molto spazio. Anche la linea da 0 a 1 sembra strana. Grazie mille a tutti.

data <- read.table("roc_average.txt")
bxp <- boxplot(data, horizontal = TRUE, range = 0, axes = FALSE, col = "grey", add = TRUE, at = 0.2, varwidth=FALSE, boxwex=0.3)
valuelabels <- c(round(fivenum(data)[2], digits = 2), round(fivenum(data)[4], digits = 2))
text(x = valuelabels, y = c(0.35, 0.35), labels = valuelabels, font = 2)
mtext(c(min(round(data, digits = 2)),max(round(data, digits = 2))), side=1, at=bxp$stats[c(1,5)], line=-3, font = 2)

curva roc con diagramma a scatole


Il boxplot dovrebbe riassumere l'AUC? In tal caso, perché il valore minimo è 0,5?
chl

sì, sembra strano, perché diversi ROC dovrebbero essere inferiori a 0,5.
Scoprire

Questo è il punto che ho invertito l'AUC del ROC per valori inferiori a 0,5, quindi la grafica dovrebbe essere rifatta. Molte grazie!
Vladimir Chupakhin,

+1 per il ritorno, aspetto il tuo aggiornamento. Se stai lavorando con diversi classificatori, potresti dare un'occhiata a ROCR .
chl

Ho fatto la curva ROC con ROCR
Vladimir Chupakhin il
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