Risposte:
Il modo più semplice è di gran lunga semplicemente eseguire un forciclo su tutti i file. La cosa buona è che set(l'input per il for-loop) accetta gli stessi caratteri jolly del normale cmd.
Per l'uso in un file batch:
FOR %%f IN (*) DO command.jar %%f
Per l'uso dalla riga di comando:
FOR %f IN (*) DO command.jar %f