Estrai i file tar.gz in una directory con nomi di base diversi in base alla loro corrispondenza nel file di testo

Ho centinaia di cartelle, alcune con file tar.gz e alcune con file bam. Volevo solo estrarre i file tar.gz in una directory diversa. Le cartelle con i file tar.gz appaiono come menzionate di seguito:

d1017f74-3a39-4427-af57-273e34247b49
           ├──--- UNCID_2207021.7b9569bc-f513-4b64-9a7c-7bb53b9be79b.110801_UNC12-SN629_0115_BD0DVEABXX_3_ACAGTG.tar.gz
5e2d5c52-596f-49bc-967c-42129abbacbf
           ├──--- UNCID_2208720.71b58051-3bf8-4dfb-a431-c8aceab7c799.110608_UNC13-SN749_0073_BD0CV8ABXX_2.tar.gz
2ef74f93-5da2-454c-aca2-d86c289eacb8
           ├──--- UNCID_2206802.25be50e7-7705-492d-a44a-0e40180d10c8.110901_UNC12-SN629_0127_BC025UABXX_1_CTTGTA.tar.gz
e01ca3e0-beb0-46b7-bb7c-f5b16f966918
           ├──--- UNCID_2521679.d817dcee-1322-4949-a6e9-138447e6fc56.140417_UNC13-SN749_0343_BC41HBACXX_5_CTTGTA.tar.gz
992a7083-28ce-4857-898e-9d4b4fbf2fa1
           ├──--- UNCID_2319278.bf92b8cc-9a5c-4e96-917c-c264fe588f8d.131118_UNC12-SN629_0336_AC31D0ACXX_5_ACTTGA.tar.gz

Per estrarre i file tar.gz in una directory di destinazione ho usato il seguente comando:

find /path/to/directory -name '*.tar.gz' -execdir tar -C /path/to/targetdirectory -xzvf '{}' \;

Questo comando fornisce file fastq di output per alcuni file tar.gz con nomi come di seguito:

110801_UNC12-SN629_0115_BD0DVEABXX.3_1.fastq
110801_UNC12-SN629_0115_BD0DVEABXX.3_2.fastq

110608_UNC13-SN749_0073_BD0CV8ABXX.2_1.fastq
110608_UNC13-SN749_0073_BD0CV8ABXX.2_2.fastq

110901_UNC12-SN629_0127_BC025UABXX.1_1.fastq
110901_UNC12-SN629_0127_BC025UABXX.1_2.fastq

Questo non è quello che voglio. Esiste un file di testo con Foldernames, nomi di file tar.gz, nomi di esempio come i seguenti:

FolderNames                                         Tar.gz files                                                                                 SampleNames
d1017f74-3a39-4427-af57-273e34247b49    UNCID_2207021.7b9569bc-f513-4b64-9a7c-7bb53b9be79b.110801_UNC12-SN629_0115_BD0DVEABXX_3_ACAGTG.tar.gz   S-E9-A1NA-11A
5e2d5c52-596f-49bc-967c-42129abbacbf    UNCID_2208720.71b58051-3bf8-4dfb-a431-c8aceab7c799.110608_UNC13-SN749_0073_BD0CV8ABXX_2.tar.gz    S-AO-A12H-01A
2ef74f93-5da2-454c-aca2-d86c289eacb8    UNCID_2206802.25be50e7-7705-492d-a44a-0e40180d10c8.110901_UNC12-SN629_0127_BC025UABXX_1_CTTGTA.tar.gz   S-AC-A23E-01A
e01ca3e0-beb0-46b7-bb7c-f5b16f966918    UNCID_2521679.d817dcee-1322-4949-a6e9-138447e6fc56.140417_UNC13-SN749_0343_BC41HBACXX_5_CTTGTA.tar.gz   S-C8-A8HR-01A
992a7083-28ce-4857-898e-9d4b4fbf2fa1    UNCID_2319278.bf92b8cc-9a5c-4e96-917c-c264fe588f8d.131118_UNC12-SN629_0336_AC31D0ACXX_5_ACTTGA.tar.gz   S-A8-A08A-01A

L'output dovrebbe ottenere il nome di esempio dal file di testo e dovrebbe apparire come di seguito:

S-E9-A1NA-11A.3_1.fastq
S-E9-A1NA-11A.3_2.fastq

S-AO-A12H-01A.2_1.fastq
S-AO-A12H-01A.2_2.fastq

S-AC-A23E-01A.1_1.fastq
S-AC-A23E-01A.1_2.fastq

S-C8-A8HR-01A.5_1.fastq
S-C8-A8HR-01A.5_2.fastq

S-A8-A08A-01A.5_1.fastq
S-A8-A08A-01A.5_2.fastq

Qualcosa del genere allora?

while read -r folder tarfile sample; do
  find /path/to/directory/"$folder" -name "$tarfile" -execdir sh -c '
        tar -C /path/to/targetdirectory -xzvf "$0";
        for f in *.fastq; do
            mv "$f" "$1.${f#*.}";
        done' {} "$sample" \;
done <Foldernames

Non sono del tutto sicuro che tu abbia bisogno findqui, ma la tua esposizione non rivela ciò a /path/tocui si riferiscono esattamente e le sue sottodirectory, quindi presumo che tu sappia cosa stai facendo lì (o come smettere di farlo se non lo fai) .