Risposte:
Ecco una domanda simile posta su StackOverflow.
È molto approfondito sul modo in cui Git tiene traccia delle modifiche del nome, della creazione dei file e delle cancellazioni. La risposta rapida e sporca che stai cercando è di seguito.
Per citare dalla risposta principale qui:
Quello che facciamo ora è, prima di tutto, rimettere manualmente il file con il suo vecchio nome, quindi usare git mv per passare di nuovo al nuovo nome:
$ mv new-name.txt old-name.txt $ git mv old-name.txt new-name.txt