Risposte:
C'è un pacchetto chiamato hexedit che compare nella ricerca di pacchetti di Cygwin, che presumo sia una porta dello stesso strumento disponibile nella maggior parte delle distribuzioni Linux con lo stesso nome.
Ho usato questa utility (come installata dai repository Debian) sotto Linux, e ha fatto il lavoro che volevo. Non ho provato la versione in Cygwin, quindi potrebbe essere uno strumento diverso con lo stesso nome.
Sia vi che Emacs possono farlo ed entrambi sono disponibili su Cygwin.
Si noti che sia Emacs che vi possono essere eseguiti in una console o in modalità finestra.
vi
è miserabile per la modifica di file binari se devi inserire o eliminare byte! Purtroppo, xxd non sembra avere un modo per omettere l'offset, oltre all'utilizzo dello stile PDF (completamente non formattato).