Uccidi il programma dopo aver emesso una determinata riga, da uno script di shell

Sfondo:

Sto scrivendo un test script per un pezzo di software di biologia computazionale. Il software che sto testando può richiedere giorni o addirittura settimane per essere eseguito, quindi ha una funzionalità di ripristino integrata, in caso di crash del sistema o interruzioni di corrente.

Sto cercando di capire come testare il sistema di recupero. In particolare, non riesco a capire un modo per "bloccare" il programma in modo controllato. Stavo pensando di programmare in qualche modo un'istruzione SIGKILL da eseguire dopo un certo periodo di tempo. Questo probabilmente non è l'ideale, in quanto il test case non è garantito per funzionare sempre alla stessa velocità (funziona in un ambiente condiviso), quindi sarebbe difficile confrontare i log con l'output desiderato.

Questo software stampa una riga per ogni sezione di analisi che completa.

Domanda:

Mi chiedevo se ci fosse un modo buono / elegante (in uno script di shell) per catturare l'output di un programma e quindi uccidere il programma quando una determinata linea / # di linee viene emessa dal programma?

Uno script wrapper come questo è un approccio standard. Lo script esegue il programma in background e quindi esegue il ciclo, controllando ogni minuto il file di registro per individuare una stringa. Se la stringa viene trovata, il programma in background viene ucciso e lo script viene chiuso.

command="prog -foo -whatever"
log="prog.log"
match="this is the what i want to match"

$command > "$log" 2>&1 &
pid=$!

while sleep 60
do
    if fgrep --quiet "$match" "$log"
    then
        kill $pid
        exit 0
    fi
done

Se il programma terminerà su SIGPIPE (che è l'azione predefinita), dovrebbe essere sufficiente reindirizzare l'output in un lettore che uscirà leggendo quella riga.

Quindi potrebbe essere semplice come

$ program | sed -e '/Suitable text from the line/q'

Se si desidera eliminare l'output predefinito, utilizzare

$ program | sed -n -e '/Suitable text from the line/q'

Allo stesso modo se si vuole fermarsi dopo un certo numero di linee si potrebbe usare la testa al posto di sed, ad es

$ program | head -n$NUMBER_OF_LINES_TO_STOP_AFTER

Il tempo esatto di a cui l'uccisione avviene non dipende dal comportamento buffer del terminale come stardt suggerisce nei commenti.

In alternativa alla risposta di dmckee, è possibile utilizzare anche il grepcomando con l' -mopzione (vedi ad esempio questa pagina man ):

compbio | grep -m 1 "Text to match"

per interrompere quando viene trovata 1 riga corrispondente al testo o

compbio | grep -v -m 10 "Text to match"

per attendere 10 righe che non corrispondono al testo indicato.

È possibile utilizzare expect(1)per guardare lo stdout di un programma, quindi eseguire azioni predefinite su alcuni schemi.

#!/usr/bin/env expect

spawn your-program -foo -bar 
expect "I want this text" { close }

O un one-liner da incorporare in un altro copione:

expect -c "spawn your-program -foo -bar; expect \"I want this text\" { close }"

Si noti che il expectcomando non viene fornito con tutti i sistemi operativi per impostazione predefinita. Potrebbe essere necessario installarlo.

È possibile utilizzare un'istruzione "while":

È necessario reindirizzare l'output del software (o dei relativi registri) e quindi, per ogni nuova riga, eseguire un test condizionale, quindi eseguire kill -KILL. Ad esempio (ho provato con / var / log / messages come file di registro):

tail -f /var/log/messages | while read line; do test "$line" = "THE LINE YOU WANT TO MATCH" && kill PIDTOKILL; done

O direttamente con il software:

./biosoftware | while read line; do test "$line" = "THE LINE YOU WANT TO MATCH" && kill PIDTOKILL; done

È necessario sostituire il percorso del registro / il nome dell'applicazione, la riga da abbinare e il PID da eliminare (è anche possibile utilizzare killall).

Buona fortuna con il tuo software,

Hugo,