Risposte:
No, non c'è vera differenza oltre all'organizzazione. Almeno, non ci dovrebbe essere.
Sicuramente ho avuto problemi con programmi che non sono in grado di gestire (e )nei loro nomi di percorso, o altrimenti sono mal programmati e funzionano solo da C:\Program Files\, però. Puoi installare i programmi dove preferisci o dove devono essere installati per funzionare.
%PROGRAMFILES%indica ancora la vecchia posizione, ma c'è %PROGRAMFILES(X86)%quella nuova. Non esiste un modo semplice per disabilitarlo, perché quando viene avviato un programma a 32 bit, viene assegnato il percorso (x86) ogni volta che lo richiede %PROGRAMFILES%. Personalmente mantengo separati i miei programmi, poiché spesso ho installato sia la versione a 32 che a 64 bit della stessa applicazione (scopi di sviluppo), e di solito non importa dopo aver installato il programma - In realtà non digito il percorso dovunque.