I vari desktop di Linux aprono i file in base al loro tipo mime. Questa è una funzionalità molto bella ma devo anche aprirle per estensione (come con Windows).
Ad esempio, voglio aprire tutti i file xxxxx.vnc con un programma specifico quando faccio doppio clic su di essi.
Uso xfce ma non penso che differisca da Gnome o KDE perché tutti usano gli stessi file di configurazione (defaults.list e mimeapps.list).
Se possibile, le impostazioni sono specifiche dell'utente, non a livello di sistema.
Ho trovato alcune informazioni molto scarse a riguardo, e tutte sono a livello di sistema, quindi potrebbero essere cancellate da alcuni aggiornamenti.