Come posso copiare i file in modo ricorsivo senza sovrascrivere le directory

Su Linux, diciamo che ho alcuni file come questo:

dir1/file1

dir2/file2

e voglio copiarli in una destinazione che già possiedi dir1 e dir2 e assomiglia a:

dir1/file1

dir1/file1a

dir2/file2

dir2/file2a

Voglio solo sostituire file1 e file2. Ma se lo faccio cp -r, dir1 nella destinazione viene sostituito con il contenuto di dir1 dalla fonte, come fa dir2, quindi sono rimasto con

dir1/file1

dir2/file2

nella destinazione Perdo file file1a e file2a!

Come posso copiare in un modo che dice 'copia qualsiasi file trovato nella directory corrispondente se esiste, crea una nuova directory solo se necessario e fallo ricorsivamente'?