Risposte:
Che dire
diff -rq DIR1 DIR2
o
diff -rqb DIR1 DIR2
-r è ricorsivo
-q è per breve, e ti dirà solo se i file sono diversi (cioè, non mostrerà le differenze riga per riga)
-b ignora gli spazi bianchi
Se sei un utente emacs, controlla le directory ediff. Puoi vedere le differenze tra i file e quindi approfondire le differenze riga per riga se devi capire perché sono diverse.