Se i file sono nascosti, cercare di fare qualcosa di simile a questo
Se sono stati eliminati, prova Recuva , tuttavia se ciò dovesse accadere dovresti vedere spazio libero.
EDIT: secondo il commento, il problema potrebbe risiedere altrove, forse il virus ha fatto casino con i file e li ha posizionati altrove. Usa WinDirStat o qualche altro visualizzatore di statistiche sull'utilizzo del disco per sapere dove è stata spostata la maggior parte dello spazio.
MODIFICA + AGGIORNAMENTO:
Per ripristinare le cartelle nascoste al loro stato originale è necessario effettuare le seguenti operazioni. Nota che sono su una versione portoghese di Windows XP, ma il nucleo è lì, dovrebbe essere trasversale a Windows 7 o 8, e lo renderò il più facile da capire possibile:
Supponendo di avere un mix di cartelle non nascoste e nascoste come il seguente ...

... selezionali tutti, quindi premi il pulsante destro su qualsiasi cartella, quindi vai a Properties. Puoi fare lo stesso dalla barra dei menu, ma in questo modo è più facile.

Apparirà una finestra come la seguente. Deselezionare la Hidden(nella mia versione etichettata Oculto) casella di controllo, quindi premere Apply.

Se lo stai facendo da una partizione NTFS (molto probabilmente, a meno che questi file non siano su un'unità esterna) apparirà un'altra finestra che ti chiederà se vuoi apportare questa modifica a TUTTI i file, anche quelli inclusi nelle cartelle e quelli all'interno delle cartelle all'interno le cartelle e così via. Lo svantaggio principale nel farlo è che alcuni file di sistema (vale a dire desktop.inie thumbs.dbappariranno d'ora in poi anche se l'opzione "Mostra file nascosti" è disabilitata). Se questo ti dà fastidio, controlla all'interno delle cartelle nascoste se anche i file al loro interno sono nascosti. Se lo sono, è meno fastidioso permetterlo, a meno che tu non voglia farlo più e più volte.

Infine, il risultato finale è qualcosa del genere. Tutti i file sono diventati nascosti.
