Prima di tutto suppongo che quei file che terminano con "~", creati da VIM durante la modifica di un file, siano effettivamente utili ai backup temporanei durante la modifica.
Ma ogni volta che apro un file con vim e lo chiudo (: wq) in seguito trovo un tale file ~. Perché vim non sta pulendo? Presumo che ci sia qualcosa non configurato correttamente.