[ Aggiornamento : la risposta breve è, se un'applicazione è la terza cosa sulla barra delle applicazioni, premere WindowsKey + Shift + 3 per aprire una nuova istanza. Evviva!]
Ho Chrome e Cygwin sulla mia barra delle applicazioni. Il collegamento di Chrome è Ctrl-Alt-C (come impostato facendo clic con il tasto destro sull'icona e inserendo Ctrl-Alt-C in Chrome -> Proprietà -> Tasto di scelta rapida). La scorciatoia di Cygwin è Ctrl-Alt-T.
Quando premo Ctrl-Alt-C, ottengo una nuova finestra di Chrome. Grande! È come se avessi fatto clic con il tasto Maiusc sull'icona di Chrome.
Quando premo Ctrl-Alt-T, ottengo la prima volta una finestra di Cygwin, ma dopo mi concentro sulla finestra di Cygwin, come se avessi semplicemente fatto clic sull'icona di Cygwin e non avessi fatto clic con il tasto Maiusc. Cygwin sembra non essere in grado di aprire più di un'istanza. Posso ancora fare clic tenendo premuto il tasto Maiusc sull'icona per ottenere più istanze.
Ho provato con tasti diversi da Ctrl-Alt-T e ho avuto lo stesso comportamento. Stranamente, sono riuscito due volte a portarlo in uno stato (semplicemente cancellando e impostando il tasto di scelta rapida più volte) in cui una scorciatoia avrebbe aperto più istanze - ma era Ctrl-Alt-G entrambe le volte, il che non lo fa ha un senso per il mio cervello che è stato addestrato per usare Ctrl-Alt-T per anni. Ctrl-Alt-G di solito si comporta male come Ctrl-Alt-T, tranne per le due volte in cui magicamente ha iniziato a comportarsi correttamente.
Quindi sto pensando che si tratta di un bug di Windows 7 (che esiste almeno da Windows XP), ma spero che qualcuno sappia qualcosa che io non so!