[Mi sono reso conto che la domanda è per la direzione opposta: London-JFK-ATL. Questa risposta non è sbagliata, ma non si applica a questa domanda. Lo sto lasciando per ora, poiché potrebbe essere ancora utile]
No, ma si.
Generalmente, non è necessario lasciare l'area protetta per effettuare il check-in per un ulteriore volo, poiché le compagnie aeree hanno un banco di trasferimento all'interno delle aree sicure e si può anche andare direttamente al gate di partenza e fare il check-in lì (al minimo 30 minuti prima del volo, però!).
Tuttavia, poiché arriverai da un volo internazionale, dovrai attraversare l'immigrazione e le dogane e, successivamente, sarai fuori dall'area protetta. Questo è intenzionale, dal momento che il volo in arrivo non è stato potenzialmente verificato in base agli standard di sicurezza statunitensi (ci sono voli in arrivo da molti aeroporti in qualsiasi parte del mondo). Di conseguenza, dovrai rientrare attraverso la sicurezza TSA locale, in modo da poter effettuare il check-in proprio all'esterno degli sportelli.
Anche se il tuo volo è immigrato pre-controllato all'aeroporto di partenza, probabilmente arriveresti in un altro terminal (poiché i voli nazionali non escono dal terminal internazionale), quindi saresti comunque costretto a camminare fuori dalla sicurezza per cambiare terminal.
Dovresti provare a effettuare il check-in per il tuo volo di andata mentre sei allo sportello di Londra, l'agente dovrebbe essere in grado di cancellarti dal sistema quando vede il passaporto e il visto in quel momento.