Non essendo un avvocato ed essendo io stesso un cittadino di Schengen e uno stato membro dell'UE, non ho alcuna esperienza diretta con questo tipo di problemi, quindi tutto ciò che dirò dovrebbe essere preso con un granello di sale. Tuttavia, mi chiedo se faccia qualche differenza nella pratica (e, per inciso, con quale frequenza ciò potrebbe realmente accadere). Sembra che un visto per soggiorni di lunga durata di uno degli Stati membri dell'accordo di Schengen (che non è un visto di Schengen in quanto l'accordo di Schengen copre solo soggiorni di breve durata e ogni Stato membro rimane per lo più libero di stabilire norme che regolano i visti per soggiorni di lunga durata come ritengono opportuno ) ti dà gli stessi diritti, in altri Stati membri, di un "visto uniforme" (vale a dire ingressi multipli nell'area Schengen per un soggiorno di massimo 90 giorni in un semestre).
Questa pagina web dal francese ministero dell'Interno sembra supportare questa interpretazione.
Secondo questa pagina Web, ciò che devi fare per poter rientrare in Francia dopo 5 mesi è tornare nel paese che ha rilasciato il visto per soggiorno di lunga durata (ad esempio la Germania nel tuo esempio), proprio come richiederebbe un "visto uniforme" di tornare in un paese non Schengen per evitare di esaurire la quota di 90 giorni. Una cosa che non so è come documentare il fatto che hai lasciato la Francia se viaggi su strada invece di prendere un volo di coincidenza poiché non esistono controlli alle frontiere tra Francia e Germania. Questa è la principale differenza pratica con la situazione uniforme dei visti, poiché le frontiere esterne di Schengen sono custodite e si otterrebbe un timbro di uscita sul passaporto, ma in entrambi i casi si applica la regola dei 90 giorni.
Ancora più importante, un visto per soggiorni di lunga durata dalla Germania (o qualsiasi altro paese Schengen) non dà diritto a rimanere in Francia (o in qualsiasi altro paese Schengen) per tutto il tempo che desideri (ovvero la Germania non può rilasciare visti per soggiorni di lunga durata per la Francia o viceversa ) in modo che in entrambi i casi utilizzi davvero il tuo diritto di effettuare un breve soggiorno in Francia. Solo dopo 5 anni di residenza in Germania, in effetti avrai diritto a un visto per soggiorno di lunga durata in Francia (in realtà un "titolo di soggiorno", questo non è un visto ma un documento separato) ma questo non ha nulla a che fare con Schengen, questa è una norma UE che non si applica ai paesi Schengen non appartenenti all'UE (e non anche al Regno Unito, all'Irlanda e alla Danimarca, nonostante siano membri dell'UE perché hanno rinunciato, vedere qui). Probabilmente si applica anche alla Svizzera attraverso i loro accordi bilaterali con l'UE, ma non ne sono del tutto sicuro. Ho il sospetto che avere questo diritto riconosciuto potrebbe non essere sempre banale in pratica.
Inoltre, capisco che esistono regole complesse per quanto riguarda il transito lato volo. A seconda della tua nazionalità, potresti avere diritto al transito senza visto negli aeroporti internazionali di alcuni o di tutti i paesi dell'area Schengen, quindi tecnicamente la necessità di un visto per rimanere nell'area Schengen non implica automaticamente la richiesta di un visto nel tuo scenario.