La tua domanda è un po 'confusa. Stai chiedendo di soggiornare a Tokyo, ma non ci sono locande termali ("ryokan", come altri hanno già sottolineato) che conosco a Tokyo. A Tokyo, la migliore scommessa per un'autentica esperienza giapponese sarebbe probabilmente una delle pensioni.
Tuttavia, potresti trovare ryokan a Kyoto, anche se quella città non è particolarmente famosa per le sue sorgenti termali.
Se vuoi un buon ryokan vicino a Tokyo, consiglierei la località turistica di Hakone vicino al Monte. Fuji. Ci sono molti ryokan di vari livelli di prezzo che si trovano lì, molti con i loro bagni termali privati. È un po 'turistico, ma rivolto ai giapponesi, non agli stranieri.
Mi piace anche Nikko, che si trova sulle montagne dall'altra parte di Tokyo e presenta diversi templi famosi.
E se sei un tipo avventuroso, andrei fino a raccomandare Kusatsu (prefettura di Gunma, NON Shiga), una piccola località turistica in montagna. Hanno diversi "famosi" bagni termali pubblici ("onsen") lì, ed è uno dei migliori ricordi che ho del Giappone dopo aver vissuto lì per un anno. Non è facile da raggiungere come gli altri. Alcuni amici giapponesi ci hanno portato lì; tutto ciò che ricordo è che abbiamo preso un treno ad alta velocità dalla stazione di Ueno di Tokyo, quindi un autobus locale per poche miglia dopo. Ma vale sicuramente la pena se hai tempo.
Infine, consiglierei di utilizzare una delle tante agenzie di viaggio situate in tutta Tokyo. Non so se lo sapete, ma il turismo è un grande affare in Giappone e ci sono agenzie di viaggio dappertutto, di solito nelle stazioni ferroviarie. Offrono pacchetti scontati per luoghi in tutto il Giappone (e nel mondo) con un ottimo servizio (il servizio è anche una specie di grosso problema nella Terra del Sol Levante). Immagino che le agenzie di una delle principali stazioni della metropolitana (come Shibuya, Shinjuku o Tokyo) parlerebbero inglese e che possano prenotare e prenotare i biglietti del treno e tutto il necessario.
Spero che sia d'aiuto, mi dispiace essere così prolisso, ma il Giappone è uno dei miei posti preferiti ... :-)