Sì, fintanto che si separa la "residenza in corso" da "ottenere una carta di soggiorno": se hanno in programma di trascorrere più di 90 giorni in qualsiasi paese, stanno parlando in senso stretto per richiedere una carta di soggiorno in quel paese. Se questo sarà effettivamente possibile dipende dal paese e da quanto più di 90 giorni vogliono rimanere. In alcuni casi, potrebbe essere chiesto loro di non preoccuparsi della carta di soggiorno se rimangono, ad esempio, per 100 giorni.
Se vogliono trascorrere non più di 90 giorni in qualsiasi paese, non è necessaria alcuna carta di soggiorno.
Le conseguenze del mancato ottenimento di una carta di soggiorno dipenderanno anche dal paese, ma non saranno in alcun caso peggiori di una multa. È probabilmente una buona idea valutare le conseguenze negative rispetto al costo di preparazione della domanda di carta di soggiorno.
In Francia, ad esempio, non esiste una multa effettiva; invece, se il coniuge viene scoperto in Francia dopo 90 giorni, le verrà chiesto di ottenere una carta di soggiorno e la quota di iscrizione sarà di € 340 anziché € 25. Ma se la coppia sta per partire, il coniuge non dovrà effettivamente richiedere la carta. Funziona così per i miei genitori: quando escono, si scopre che mia madre ha trascorso più di 90 giorni a Schengen, e poi viene vista come la moglie di un cittadino dell'Unione europea, e la schiacciano.
Per una risposta più specifica, sarebbe necessario un itinerario più specifico, poiché i dettagli dipendono dal paese.
Si noti che il termine è "carta di soggiorno" anziché "permesso di soggiorno" perché serve a documentare un diritto che ha la sua fonte nel diritto dell'UE, non in una concessione dell'autorizzazione da parte delle autorità di immigrazione. Una conseguenza di ciò è che se le loro procedure amministrative non sono sufficientemente agili per gestire il caso di un soggiorno che è leggermente più lungo di 90 giorni, non possono proibirti di rimanere per un periodo leggermente superiore a 90 giorni.