Risposte:
GTK3 è installato per impostazione predefinita, non scaricare e compilare dal sito Web GTK.
Se vuoi usare GTK3 da solo, compila invece di GTK2 o usa PyGObject invece di PyGTK se stai usando Python.
Se si desidera che tutti i programmi utilizzino GTK3 anziché GTK2, non funzionerà, è un compito per gli sviluppatori di applicazioni eseguire il porting della propria applicazione.
Per utilizzare le app gtk2 o gtk3 non è necessario installare nulla. Ma, se vuoi sviluppare (o anche solo compilare) app questo è quello che stai cercando:
sudo apt-get install libgtk-3-dev