L'unica differenza davvero grande tra l'installazione di cose dal Software Center o un'altra interfaccia grafica e farlo dalla riga di comando è quando le cose vanno male.
Nella maggior parte dei casi, i messaggi di errore di installazione sono nascosti e ti danno solo un messaggio generale che non ha funzionato. Quando lo fai dalla riga di comando, vedi tutti i messaggi che vengono generati. Spesso, queste informazioni possono essere utilizzate per risolvere il problema o ti diranno perché probabilmente non vuoi risolverlo. Ad esempio, l'installazione del pacchetto interromperebbe o disinstallerebbe altri pacchetti già installati.
A volte, un pacchetto non riesce a installarsi solo perché una delle sue dipendenze non è installata (e l'installazione normale non si risolve automaticamente come la maggior parte). In questo caso, è spesso possibile installare prima il pacchetto mancante e quindi l'installazione avrà esito positivo.
Inoltre, apt-get ti informerà di altri pacchetti associati che sono "raccomandati" insieme al tuo pacchetto, in modo da poterli cercare e vedere se ne vuoi uno.
Riporta inoltre tutti i pacchetti installati in precedenza che probabilmente non sono più necessari e spiega come rimuoverli.
Non dovresti aggiungere / eliminare pacchetti da nessuno di questi ultimi due passaggi senza rivedere attentamente i pacchetti coinvolti, ma di solito è sicuro.
In Ubuntu 12.04, le app appena installate vengono aggiunte al programma di avvio per impostazione predefinita, ma ciò accade solo per le app installate utilizzando Software Center.