Problema con un sequencer del DNA

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Di recente ho ottenuto il sequencer del genoma USB (DNA) di MinION, che con mia grande delusione non sembra funzionare correttamente in Ubuntu.

Sto usando la versione 12.04 di Ubuntu. Il sequencer viene correttamente rilevato dallo script / driver fornito con esso, ma sembra non essere in grado di rilevare il campione.

Allego lo screenshot del processo. Qualsiasi aiuto sarebbe molto apprezzato!

inserisci qui la descrizione dell'immagine

drivers usb

— Richard Rodriguez
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Prova a eseguire il programma di raccolta script / campioni come root congksu

— nanofarad l'

Il dispositivo lancia alcuni messaggi utili su / var / log / syslog o qualcosa del genere?

— Christian,

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Visto che il dispositivo viene correttamente rilevato dallo script, sembra più probabile che il tuo problema sia sul lato del sequencer genico delle cose, piuttosto che essere un problema di Ubuntu. Ci sono altre utilità che ti permetteranno di comunicare con il tuo sequencer per altre funzionalità, forse una routine di calibrazione? Se Ubuntu è in grado di comunicare con la macchina e farlo fare altre cose, mi aspetto che il problema sia con il sequencer genico piuttosto che con il computer. Un altro possibile test è provare a utilizzare un altro sistema operativo, se è disponibile un software. Infine, assicurati che il sequencer abbia il firmware più recente e che il software che stai utilizzando per la connessione sia aggiornato.

— Danbsmith
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C'è un'altra cosa su cui ho intenzione di speculare, vale a dire, eseguirlo dalla shell potrebbe non dare il massimo dalla priorità. Questo è il sequencer nanoporo di Oxford che necessita di un'autenticazione completa prima di poter essere ammessi sulla propria griglia. Non ha informazioni sufficienti per eseguire e accedere all'esempio: questo è quello che penso.

— all4naija,

Questo è un sequencer di DNA indipendente. La sua interfaccia è molto probabilmente un normale adattatore per porta seriale USB con cui sta parlando lo script fornito, che sembra funzionare correttamente. Sono d'accordo che il problema è probabilmente con la fine del sequencer e non con l'interfaccia con il computer. GridION non è una piattaforma di "cloud computing", è una schiera parallela di sequenziatori genici per lavori più grandi.

— Adrian,

Per maggiori informazioni: nanoporetech.com/technology/the-gridion-system/…

— all4naija

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Un'ipotesi selvaggia: potrebbe essere un problema di autorizzazioni? Alcuni dispositivi funzionano correttamente per alcune operazioni quando vengono eseguiti come un normale utente, ma richiedono rootprivilegi per eseguire altre operazioni. Quindi, potresti provare a sudo ./gseqvedere se questo aiuta. Se questo aiuta, ma non vuoi eseguire roottutto il tempo, puoi rintracciare i file del dispositivo e modificarne le autorizzazioni per concederti l'accesso al tuo dispositivo utilizzando il tuo account normale. Ciò implicherebbe probabilmente la creazione di regole udev. Non entrerò in questo qui poiché questa soluzione è un po 'lunga.

— Rod Smith
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È possibile che la durata di 6 ore del dispositivo sia stata superata? È probabile che si tratti più di un errore del dispositivo o di un problema di processo. Il supporto tecnico di MinION dovrebbe essere il tuo contatto principale per risolvere questo problema poiché sembra che il programma stia comunicando con il dispositivo.

Chris

— fabricator4
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