Quali strumenti di bioinformatica e biologia computazionale sono disponibili?

Oggi mi è stato chiesto di cercare le versioni scientifiche di Ubuntu. In realtà sono alla ricerca di strumenti per eseguire analisi della sequenza del DNA, verifica delle proteine, stime e molti compiti relativi alla biologia.

Primo:

1. Esiste una versione scientifica e bio-orientata di Ubuntu

2. Esistono strumenti per fare analisi scientifiche come i punti sopra menzionati.

Ho fatto alcuni googling su vari sistemi operativi e strumenti di ricerca basati su Debian, RHEL e Virtal Machine per la biologia computazionale e la bioinformatica. Alcuni degni di nota sono riassunti di seguito:

Debian Med : un sistema operativo Debian particolarmente adatto ai requisiti per la pratica medica e la ricerca biomedica.

DNALinux : è una macchina virtuale con software bioinformatico preinstallato.

Bioknoppix : è una distribuzione personalizzata di Knoppix Linux Live CD. Viene fornito con applicazioni mirate per il biologo molecolare. Oltre ad usare un po 'di RAM, Bioknoppix non tocca il computer host (perché è un Live-CD) ed è ideale per dimostrazioni, studenti di biologia molecolare, workshop, ecc.

Vigyaan : ("Vigyaan" significa "Scienza" in hindi. Ma questo non è un Linux troppo scientifico). Vigyaan è un banco di lavoro elettronico per bioinformatica, biologia computazionale e chimica computazionale. È stato progettato per soddisfare le esigenze sia dei principianti che degli esperti. VigyaanCD è un CD Linux live contenente tutto il software necessario per avviare il computer con un software di modellazione pronto all'uso. VigyaanCD v1.0 si basa su KNOPPIX v3.7.

VLinux : è una distribuzione Linux e un'appliance per studenti e ricercatori in Bioinformatica. Si basa su OpenSUSE ed è realizzato utilizzando Suse Studio di Novell.

BioSLAX : è una nuova suite live di strumenti bioinformatici su CD / DVD che è stata rilasciata dal team di risorse del BioInformatics Center (BIC), National University of Singapore (NUS). Avviabile da qualsiasi PC, questo CD / DVD esegue il sapore SLACKWARE compresso del sistema operativo LINUX noto anche come SLAX.

Bio-Linux 6.0 : è una workstation bioinformatica completa, potente, configurabile e di facile manutenzione. Bio-Linux fornisce oltre 500 programmi di bioinformatica su una base Ubuntu Linux 10.04. Esiste un menu grafico per i programmi di bioinformatica, nonché un facile accesso al sistema di documentazione bioinformatica di Bio-Linux e dati di esempio utili per i programmi di test. Puoi anche installare pacchetti Bio-Linux per gestire i tipi di dati di sequenza di nuova generazione.

La mia opinione di bioinformatico è di scaricare ed eseguire qualsiasi tipo di Linux adatto a te. Quasi tutti sono scaricabili e utilizzabili gratuitamente. Nel mio lavoro di ricerca utilizzo Ubuntu e CentOS. Condividerò la mia esperienza.

CentOS : se si installano tutte le librerie durante l'installazione, non si verificheranno molti problemi in seguito. Ho usato il pacchetto Molecular Dynamics AMBER e Desmond su di esso. Funziona generalmente senza porre molti problemi.

Ubuntu: poiché non include molte librerie preinstallate, devi sapere dove trovare informazioni sull'esecuzione di un software su di esso. Tuttavia, poiché Ubuntu è molto popolare tra i ricercatori , non trovo alcun motivo per cui non dovresti provarlo. In caso di difficoltà durante l'installazione o l'esecuzione di un software, è possibile pubblicare domande su mailing list specifiche relative a quel particolare software. Nel software center di Ubuntu sono disponibili programmi come Pymol , AutoDock , Unipro UGENE ecc. Gromacs era disponibile in precedenza (non l'ho trovato in 12.04).

Ti consiglio vivamente di impegnarti una volta e installare tutto il tuo utile software su Ubuntu e quindi utilizzare Remastersys per fare copie del tuo sistema operativo per metterlo su tutti i desktop e le workstation che desideri.

Personalmente, vedo un immenso scopo nell'avere un SO Linux specializzato destinato al pubblico di ricerca in biologia e chimica.

Spero che sia d'aiuto.

Bio-Linux è una workstation bioinformatica su base Ubuntu.

Oltre a ciò c'è tutta una serie di programmi / strumenti orientati alla biologia per Ubuntu, elencati ed elaborati qui .

Per quanto ne so, non esiste una distribuzione specializzata per questo scopo.

(Esiste una distribuzione chiamata Scientific Linux , che si basa su RedHat / Centos, ma è ampiamente sviluppata da e si rivolge alle esigenze di High Energy Physics (e non ha alcuna capacità generale priva di stock Ubuntu).)

Esiste una categoria di biologia (sotto la scienza / ingegneria) con una raccolta di pacchetti, sebbene il numero di applicazioni scientifiche specializzate impacchettate con Ubuntu sia relativamente piccolo (e mi aspetto che ciò avvenga anche per altre distribuzioni che potreste vedere). Scienza + Ingegneria / Biologia ne elenca alcune ma non sembra essere aggiornata.

Detto questo, molti strumenti scientifici, sebbene non nei repository ufficiali, forniscono pacchetti compatibili con Ubuntu (.deb) che è possibile scaricare (ad es. LibSBML ) o binari linux generici (ad es. Copasi ), o sono neutri dalla piattaforma (essendo scritti in Java, python ecc.) e quindi dovrebbe funzionare abbastanza felicemente in Ubuntu (es. ImageJ ).

Uso Ubuntu per il lavoro di biologia computazionale, sebbene ciò implichi principalmente il lavoro con strumenti di uso generale (ad es. R, python) piuttosto che applicazioni specializzate.

Vedo che ci sono diversi remix di Ubuntu Science disponibili, ma sembrano tutti morti. Questo sembra essere il modo con molti remix di Ubuntu, perché molte volte non offrono molto altro oltre a installare automaticamente alcune applicazioni, quindi non ottengono la massa critica necessaria agli sviluppatori per tenerli su .

Il mio suggerimento sarebbe di usare una solida distro basato sulla scienza, come Scientific Linux , che è ciò che viene usato (e sviluppato da) da Fermilab, CERN, ecc. Questa è una distro che non andrà da nessuna parte presto, e ha grandi sostegno da parte della comunità scientifica. Sfortunatamente, si basa su Red Hat, quindi potrebbe non adattarsi perfettamente alle tue esigenze.

Se è necessario utilizzare Ubuntu, ci sono diverse applicazioni scientifiche disponibili nei repository, basta avviare Ubuntu Software Center e sfogliare "Scienza e ingegneria" -> Biologia. Non sono certo dell'utilità di questi programmi, poiché è fuori dalla mia esperienza. Se fossero sufficienti, potresti impostare uno script bash rapido che li ha installati tutti quando hai configurato un nuovo computer.