Sto vedendo questo comportamento indesiderato anche perché Unity è arrivato su Ubuntu. Il Launcher di Unity "ruba" casualmente l'endpoint per le animazioni minimizzanti da Docky. In altre parole, quando faccio clic su un'icona in Docky per ridurre a icona una finestra, quella finestra si riduce a Unity anziché a Docky. Ciò accade la maggior parte delle volte a tutte le finestre, anche se a volte, anche a caso, capita che le finestre si riducano a icona a Docky, ma molto raramente.
Ecco come appare quando minimizzo una finestra: Ecco come dovrebbero apparire entrambe le animazioni: