Come installare rgdal su Ubuntu 12.10?


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Sto lottando per installare la rgdallibreria su Ubuntu 12.10.

L'installazione dall'interno di R genera un errore:

Errore: gdal-config non trovato Impossibile trovare lo script gdal-config distribuito con GDAL. Se non hai installato le librerie GDAL, puoi scaricare l'origine da http://www.gdal.org/ Se hai installato le librerie GDAL, assicurati che gdal-config sia nel tuo percorso. Prova a digitare gdal-config al prompt della shell e verifica se è in esecuzione. In caso contrario, utilizzare: --configure-args = '- with-gdal-config = / usr / local / bin / gdal-config' con i valori appropriati per l'installazione.

ERRORE: configurazione non riuscita per il pacchetto 'rgdal' * rimozione '/home/rdk/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15/rgdal' Avvertenza in pacchetti install: l'installazione del pacchetto 'rgdal' ha un'uscita diversa da zero stato

R-sig-Geo , queste due domande SE e altri siti web mi hanno indicato i requisiti di libgdal1-dev.

Ma quando ci ho provato

sudo apt-get install libgdal1-dev

Finisco con un altro messaggio di errore

Alcuni pacchetti non possono essere installati. Ciò può significare che hai richiesto una situazione impossibile o se stai utilizzando la distribuzione instabile che alcuni pacchetti richiesti non sono stati ancora creati o spostati da Incoming. Le seguenti informazioni possono aiutare a risolvere la situazione:

I seguenti pacchetti hanno dipendenze non soddisfatte: libgdal1-dev: Dipende da libgdal-dev ma non verrà installato E: Impossibile correggere i problemi, sono stati mantenuti pacchetti rotti.

Ancora una volta - quando provo a installare libgdal-devun altro errore di dipendenza si presenta

I seguenti pacchetti hanno dipendenze non soddisfatte: libgdal-dev: dipende: libgeos-dev ma non verrà installato dipende: libspatialite-dev ma non verrà installato

Ancora una volta provando libgeos-devdà un messaggio:

Depends: libgeos-c1 (= 3.3.3-1.1) but 3.3.3-2~precise2 is to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

e libspatialite-dev:

Depends: libspatialite3 (= 3.1.0~rc2-1ubuntu1) but
3.1.0~rc2-2~precise1 is to be installed

C'è un modo per domare quelle dipendenze e averlo in rgdalesecuzione su Ubuntu?

Mio sessionInfo()

Piattaforma R versione 2.15.1 (22/06/2012): x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)


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Su Ubuntu 12.04 l'installazione di libgdal-dev e libgdal1-dev ha funzionato bene - forse è perché Quantal (12.10) è abbastanza nuovo e i manutentori dei pacchetti non hanno ancora aggiornato le versioni giuste? (In realtà, perché dice che verrà installato 3.3.3-2~precise2quando si è in modalità quantica?)
matematical.coffee

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@ matematical.coffee È corretto. L'ho fatto su QQbeta2 poche settimane fa, ma non ricordo come. Prova a impostare il repository CRAN in /etc/apt/sources.list precisepiuttosto che quantal.
Ari B. Friedman,

2
Hai guardato se potevi ottenere r-cran-rgdal tramite il PPA di Michael?
Dirk Eddelbuettel,

matematical.coffee: potrebbe anche essere un po 'troppo presto allora. Ari: Ho aggiornato il repository CRAN - grazie per il suggerimento. Dirk: Perdonate la mia ignoranza - stiamo parlando di launchpad.net/~marutter/+archive/c2d4u
radek,

@radek data la risposta di Josh O'Brien di seguito per 14.04, potrebbe valere la pena modificare la tua domanda per renderla più generale per altre versioni di Ubuntu. Penso che sarebbe utile avere una domanda canonica per questo.
amc

Risposte:


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Una risposta più recente è disponibile qui: http://robinlovelace.net/r/2013/11/26/installing-rgdal-on-ubuntu.html .

In sostanza, le tre seguenti righe di codice dovrebbero ordinarlo:

sudo apt-get install aptitude # install aptitude as an alternative to apt-get
sudo aptitude install libgdal-dev # install the package (you may have to respond to queries here)
sudo aptitude install libproj-dev # install the proj.4 projection library

Ho speso anni per questo problema, quindi spero che questa risposta aggiornata sia utile per gli altri. Fammi sapere se è così!


Ho avuto un problema con rgdalun'altra volta ... e inciampare sulla mia domanda qui. Questa volta la tua soluzione ha risolto il problema.
Radek,

Si è utile. Grazie mille per aver dedicato del tempo a registrare questi passaggi.
Josh O'Brien,

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sudo apt-get install r-cran-rgdal # anche questo comando lo fa e installa automaticamente le dipendenze
RobinLovelace,

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Prova a eseguirli tutti insieme e specificando le versioni, in questo modo:

sudo apt-get install libgdal1-dev libgdal-dev libgeos-c1=3.3.3-1.1 libspatialite3=3.1.0~rc2-1ubuntu1

A apt-get non piace eseguire il downgrade dei pacchetti, ma se lo si specifica.


Grazie - quello sembrava fare il trucco. Gli aggiornamenti futuri causeranno qualche conflitto con tale soluzione?
radek,

2
Probabilmente potrebbero causare problemi di aggiornamento, sì. Per impedire l'aggiornamento di un pacchetto, esegui questo per ogni pacchetto:echo packagename hold | sudo dpkg --set-selections
Rucent88

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Qui nel mese di gennaio 2016, su Ubuntu 14.04.2 (e con R 3.2.2), avevo bisogno di quanto segue per ottenere sia rgdal e complementare (e spesso molto utile) gdalUtils pacchetto installato:

sudo apt-get update
sudo apt-get -y install libgdal1h
sudo apt-get -y install libgdal1-dev
sudo apt-get install libproj-dev
sudo apt-get install gdal-bin
Rscript 'install.packages(c("rgdal", "gdalUtils"))'

Aggiornamento: come a gennaio 2017, la versione di libgdal è 1i, quindi la seconda riga di codice dovrebbe essere:

sudo apt-get -y install libgdal1i

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Aprire il terminale premendo (Ctrl + alt + T) e digitare il comando seguente.

sudo apt-get update

sudo apt-get install -f

(Riparerà le dipendenze.)

sudo apt-get autoremove

(rimozione di pacchetti non necessari)

sudo apt-get clean

(Cancella cache)


Grazie. Ho provato la tua soluzione (autoremove non ha eliminato nulla) - purtroppo non ha aiutato.
Radek,

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Rimuove eventuali pacchetti non necessari, a volte diventa importante rimuoverlo quando il sistema lo possiede.
Ketan Patel

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Per far installare rgdal su Ubuntu 12.04, ho dovuto installare (e conservare) molti pacchetti specifici per la versione. Fondamentalmente ho provato ogni pacchetto e ho installato le versioni richieste delle dipendenze fino a quando non sono riuscito a ripristinare l'obiettivo originale, per installare libgdal1-dev

sudo apt-get install libspatialite3=3.0.0~beta20110817-3
echo libspatialite3 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libspatialite-dev
sudo apt-get install libgeos-c1=3.3.3-1.1~pgdg12.4+1
echo libgeos-c1 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libgdal1=1.9.0-3.1~pgdg12.4+1
echo libgdal1 hold | sudo dpkg --set-selections

sudo apt-get install libgdal-dev
sudo apt-get install libgdal1-dev
gdal-config # now works, and can now install rgdal
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