La lettura dell'elenco dei pacchetti richiede un'eternità

Ho provato ad aggiornare le mie cose sul mio computer e sembra che non riesca a leggere l'elenco dei miei pacchetti. Sembra che ogni volta che lo faccio sudo apt-get install *something* && sudo apt-get updaterimanga bloccato nella lettura dell'elenco dei pacchetti, questo non è stato un problema prima. Ecco le mie specifiche e quant'altro:

• Memoria: 15,8 gb
• Processore: AMD Phenom (tm) II x4 965 Processore x 4
• Grafica: Gallio 0.4 su AMD BARTS
• Tipo di sistema operativo: 32 bit
• Velocità della rete:

L'ho visto anche io.

Non ho una soluzione, ma ho una soluzione alternativa ( echo 3 | sudo tee /proc/sys/vm/drop_caches) e potenzialmente più informazioni in modo che qualcuno possa portare avanti l'indagine.

Non è un problema di rete perché in "Lettura dell'elenco dei pacchetti ..." , sta solo leggendo i file /var/lib/apt/lists/. UN:

strace -tt -T -fo strace.log apt-get update

dà:

16394 14:43:03.921130 open("/var/lib/apt/lists/gb.archive.ubuntu.com_ubuntu_dists_precise_main_binary-i386_Packages", O_RDONLY|O_LARGEFILE) = 7 <0.000012>
[...]
16394 14:43:03.995238 read(6, "-3.1ubuntu2)\nConflicts: linux86\n"..., 32444) = 32444 <0.000111>
16394 14:43:05.787187 read(6, "c (<< 1:14.b.4-dfsg), erlang-exa"..., 32239) = 32239 <0.000069>
16394 14:43:05.788025 read(6, ".deb\nSize: 42130\nMD5sum: c7de671"..., 31695) = 31695 <0.000068>
16394 14:43:05.870734 read(6, "5: 29c4b395a92bdc12932f151c3643a"..., 31607) = 31607 <0.000071>
16394 14:43:05.890862 read(6, "e-pack-af-base\nFilename: pool/ma"..., 32538) = 32538 <0.000070>
16394 14:43:05.891425 read(6, "buntu-usb-live, ubuntu-dvd-live,"..., 32090) = 32090 <0.000066>
16394 14:43:05.891960 read(6, "cd9755b03ac2c9b8251125c7b6618\nDe"..., 32195) = 32195 <0.000034>
16394 14:43:06.043001 read(6, "rg>\nArchitecture: all\nVersion: 2"..., 32535) = 32535 <0.000072>

Guarda come queste 8 readchiamate di sistema hanno impiegato oltre 2 secondi anche se ogni singola chiamata impiega meno di 1 ms. In esecuzione time apt-get updateo guardando top, quel processo non è occupato tra quelle due chiamate. Allora perché il ritardo?

Quindi ho fatto:

echo t > /proc/sysrq-trigger

alcune volte e ho esaminato il risultato in kern.log:

 apt-get         D 00000000     0 16790  12706 0x00000000
  e8695d30 00000086 f7bd5e6c 00000000 f7bd5e44 f74a6580 c1990e00 c1990e00
  efe46efe 000042cb f7b9de00 e71a7230 f74a6580 c107e116 00000000 00000000
  044aa200 00000000 00000000 00000000 00000000 e8695d0c e8695d0c c1038de8
 Call Trace:
  [<c107e116>] ? enqueue_entity+0x186/0x220
  [<c1038de8>] ? default_spin_lock_flags+0x8/0x10
  [<c15e13bd>] ? _raw_spin_lock_irqsave+0x2d/0x40
  [<c15e0533>] schedule+0x23/0x60
  [<c15deecf>] schedule_timeout+0x12f/0x290
  [<c1075c38>] ? ttwu_do_activate.constprop.86+0x58/0x70
  [<c1055190>] ? usleep_range+0x40/0x40
  [<c15e0846>] io_schedule_timeout+0x86/0xd0
  [<c15cef7d>] balance_dirty_pages.isra.17+0x3f5/0x4b4
  [<c15e118d>] ? _raw_spin_lock+0xd/0x10
  [<c1180781>] ? __set_page_dirty_buffers+0x81/0xb0
  [<c110deb5>] ? set_page_dirty+0x55/0x60
  [<c11812c9>] ? __block_page_mkwrite+0xe9/0x170
  [<c110f3ae>] balance_dirty_pages_ratelimited_nr+0xde/0x100
  [<c1126f53>] do_wp_page+0x503/0x830
  [<c1128ef7>] handle_pte_fault+0x267/0x2c0
  [<c1129c62>] handle_mm_fault+0x1e2/0x280
  [<c15e4988>] do_page_fault+0x158/0x4c0
  [<c104e4dc>] ? irq_exit+0x5c/0xa0
  [<c15e22d0>] ? do_debug+0x180/0x180
  [<c15e4830>] ? vmalloc_fault+0x195/0x195
  [<c15e1c53>] error_code+0x67/0x6c

Quindi, non sono sicuro di cosa significhi, ma riguarda la gestione degli errori di pagina, quindi indica un potenziale problema di gestione della memoria.

Ho quindi provato un:

echo 3 >/proc/sys/vm/drop_caches

E questo ha fatto sparire il problema.

Ora sembra davvero un problema del kernel. Quindi, ho aggiornato all'ultimo kernel (3.8 backport da raring) ed è qui che mi trovo. Si aggiornerà se il problema persiste con il kernel più recente.

modificare

Il problema persiste con il nuovo kernel, anche se non così grave. E stessa cosa,

echo 3 | sudo tee /proc/sys/vm/drop_caches

cancella il problema per un po '. L'ho visto succedere solo sui laptop MSI (Nome prodotto: CR61 2M / CX61 2OC / CX61 2OD).

Modifica dicembre 2015

Come confermato da btrace aptitude/ apt-getsembra fare un po 'di I / O su disco al momento. Ha un file temporaneo ( /var/cache/apt/pkgcache.bin.<random-chars>) creato in memoria, motivo per cui non viene visualizzato stracenell'output.

Non riesco ancora a spiegare perché ciò accada solo su alcune macchine, perché eliminare la cache aiuta, perché passare a 64 bit aiuta.

Se qualcuno è in grado di riprodurlo, un test interessante potrebbe essere quello di vedere se ciò accade anche quando si esegue sotto eatmydatao se lo spostamento /var/cache/aptsu tmpfso un ramdisk aiuta.

Il consiglio su http://antti-juhani.kaijanaho.fi/newblog/archives/521 mi ha velocizzato diverse volte su vari computer:

sudo dpkg --clear-avail
sudo sync-available

(Il blog ha anche raccomandato sudo dpkg --forget-old-unavailtra i 2 passaggi, ma a quanto pare è deprecato e non è più necessario.)

Segui i passi:

• Svuota cache:

  sudo apt-get clean
  

• Sposta il sources.listquindi aptnon puoi usarlo:

  mv /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list1 && sudo apt-get update
  

• Sposta indietro e aggiorna:

  mv /etc/apt/sources.list1 /etc/apt/sources.list && sudo apt-get update 
  

Controlla e rimuovi anche eventuali PPA e linee di origine che non ti servono.

Sul mio sistema, la causa era un valore errato nella LANGUAGE=variabile d'ambiente. Dovrebbe contenere valori come en:fr:de, e non en_US.UTF-8,sl_SI.UTF-8:

root@fik:~
# locale
LANG=en_US.UTF-8
LANGUAGE=en_US.UTF-8,sl_SI.UTF-8
LC_CTYPE=sl_SI.UTF-8
LC_NUMERIC=sl_SI.UTF-8
LC_TIME=sl_SI.UTF-8
LC_COLLATE=sl_SI.UTF-8
LC_MONETARY=sl_SI.UTF-8
LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
LC_PAPER=sl_SI.UTF-8
LC_NAME=sl_SI.UTF-8
LC_ADDRESS=sl_SI.UTF-8
LC_TELEPHONE=sl_SI.UTF-8
LC_MEASUREMENT=sl_SI.UTF-8
LC_IDENTIFICATION=sl_SI.UTF-8
LC_ALL=

Quando eseguito (via strace), il apt-get updatecomando clona sulla read()chiamata. Ci vogliono anni per eseguire e mangia tutti i cicli disponibili di un core della CPU:

root@fik:~
# strace apt-get update
[snip]
read(5, "form, hardware::opengl, implemen"..., 32146) = 32146
read(5, " Maintainers <pkg-bluetooth-main"..., 32658) = 32658
read(5, ": 17569748\nMD5sum: 9c20d52f9a0d5"..., 32200) = 32200
brk(0x55ac79212000)                     = 0x55ac79212000
read(5, "scription-md5: ca1156b27bec24d4c"..., 32469) = 32469
read(5, " Boost.Math Library\nMulti-Arch: "..., 32477) = 32477
read(5, "epends: libc6 (>= 2.4), lsb-base"..., 32648) = 32648
^C--- SIGINT {si_signo=SIGINT, si_code=SI_KERNEL} ---
strace: Process 18452 detached

Se imposto LANGUAGE=un valore corretto (come en), tutto torna di nuovo normale:

root@fik:~
# export LANGUAGE=en

root@fik:~
# locale
LANG=en_US.UTF-8
LANGUAGE=en
LC_CTYPE=sl_SI.UTF-8
LC_NUMERIC=sl_SI.UTF-8
LC_TIME=sl_SI.UTF-8
LC_COLLATE=sl_SI.UTF-8
LC_MONETARY=sl_SI.UTF-8
LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
LC_PAPER=sl_SI.UTF-8
LC_NAME=sl_SI.UTF-8
LC_ADDRESS=sl_SI.UTF-8
LC_TELEPHONE=sl_SI.UTF-8
LC_MEASUREMENT=sl_SI.UTF-8
LC_IDENTIFICATION=sl_SI.UTF-8
LC_ALL=

root@fik:~
# apt-get update
Hit:1 http://ftp.at.debian.org/debian experimental InRelease
Ign:3 http://ftp.at.debian.org/debian jessie InRelease                                                      
Hit:4 http://ftp.at.debian.org/debian jessie-updates InRelease  
Hit:5 http://ftp.at.debian.org/debian jessie-backports InRelease                                                                             
Hit:6 http://ftp.at.debian.org/debian sid InRelease                                                                    
Hit:7 http://ftp.at.debian.org/debian stretch InRelease                               
Hit:8 http://ftp.at.debian.org/debian stretch-updates InRelease                                             
Hit:9 http://ftp.at.debian.org/debian jessie Release                                  
Hit:2 http://screenshots.getdeb.net xenial-getdeb InRelease                           
Hit:10 http://security.debian.org jessie/updates InRelease      
Hit:11 http://security.debian.org stretch/updates InRelease
Reading package lists... Done