Risposte:
Al momento, non esiste un modo semplice per farlo.
Esiste attualmente una segnalazione di bug aperta relativa a questo problema: https://bugzilla.gnome.org/show_bug.cgi?id=599453
Nel frattempo, consiglierei di passare a xchat o irssi, che sono entrambi ottimi programmi di chat (xchat è la GUI e irssi è la CLI), e sono molto meno buggy dell'empatia. (a meno che non abbia voglia di testare / eseguire il debug / estendere l'empatia)
Potrei suggerire che puoi pulire la conversazione. Non impedisce di avere questi messaggi, ma può eliminarlo manualmente.