Risposte:
Dovrebbe essere sufficiente rimuovere la cartella del vino locale ~/.local/share/applications/wine.
Attenzione: gli errori nell'uso di sudo per eliminare le cose possono essere disastrosi!
rm ~/.local/share/applications/wine*.desktop
sudo rm /usr/share/applications/wine*.desktop
Potrebbe essere necessario disconnettersi e riconnettersi per visualizzare le modifiche, a seconda del desktop in uso (kde, gnome, ...)
È possibile utilizzare alacarteper abilitare / disabilitare le applicazioni utilizzando la GUI.

Inoltre puoi rimuovere direttamente i file .desktop di wine su /home/user/.local/share/applications.
rm ~/.local/share/applications/wine-*.