Risposte:
È possibile impostare la directory di lavoro in modo nativo, ma per qualche motivo non è supportata nell'interfaccia utente. Il file .desktop sottostante supporta una Pathchiave per "la directory di lavoro in cui eseguire il programma" (vedi le specifiche ) purché il tuo launcher sia di tipo "Applicazione".
Quindi basta aprire il file .desktop in un editor di testo (se hai problemi a trovarlo, puoi creare il programma di avvio sul desktop e trovarlo ~/Desktop, quindi spostarlo in seguito) e aggiungere una riga alla fine che dice Path=YOUR_PATH.
Cambia il comando in questo (sostituendo i percorsi corretti ovviamente):
bash -c "cd /path/to/directory && /path/to/directory/executable"
/bin/shinvece di sh? Forse funziona allora