Aggiornato a Ubuntu 14.04.1, impossibile accedere ad alcuni siti Web (403 vietato)

Ho aggiornato il mio server alla 14.04.1. Dopo aver riavviato Apache, ho scoperto che alcuni dei miei siti non sono accessibili (403 vietati). Il comune denominatore è che sono i miei siti Drupal e un gruppo di siti Wordpress (multisito). Una coppia di altri siti WP (multisito) in una directory separata sta funzionando.

Se digito l'URL di base come indirizzo IP, ad esempio 66.210.xxx.xx, nel mio browser, visualizzo un errore DB: Non riesco a collegarmi al database perché: Accesso negato per l'utente 'root' @ 'localhost' (usando password: SÌ)

È una VM LAMP, ospitata in remoto, quindi ho solo accesso SSH. Ho fatto disattivare l'accesso di root con password tramite SSH quando ho fatto l'aggiornamento del pacchetto; non so se è correlato. Non eseguo l'accesso come root, quindi non pensavo di averne bisogno.

L'altra cosa degna di nota è che prima di poter avviare Apache, dovevo modificare i miei file v-hosts.conf, perché avevano questo:

<Directory "/path/to/site">
    allow from all
    Options -Indexes FollowSymLinks
    AllowOverride All
</Directory>

Ho dovuto modificare le opzioni in:

Options -Indexes +FollowSymLinks

Per riavviare Apache.

Dopo aver controllato i registri, esaminato i permessi di directory, assicurandomi che non fossero cambiate varie configurazioni di db DMS, ecc., Ho guardato /etc/apache2/apache2.conf, che apparentemente avevo permesso di essere sovrascritto durante l'aggiornamento. Le <Directory>sezioni sono più restrittive di quelle che avevo, poiché ho CMS diversi in posizioni non standard, NON /var/www/. Quelli erano i siti che non mi facevano entrare. L'aggiunta di direttive per loro (e l'utilizzo della nuova sintassi "Richiedi tutto concesso") e il riavvio di Apache l'hanno risolto.