L'aggiornamento automatico della funzione Atom non è ancora supportato per Ubuntu. Dal loro repository GitHub:
Attualmente è disponibile solo una versione a 64 bit.
Scarica atom-amd64.deb dalla pagina delle versioni di Atom. Esegui sudo dpkg --install atom-amd64.deb sul pacchetto scaricato. Avviare Atom utilizzando il comando atom installato. Al momento la versione di Linux non si aggiorna automaticamente, quindi dovrai ripetere questi passaggi per passare alle versioni future.
Ho provato a utilizzare Webupd8 PPA ma non funziona per me.