Ciò accade sia in 11.04 che in 11.0. Ho letto da qualche parte che queste app sono "inserite nella blacklist" per non usare esplicitamente le barre di scorrimento sovrapposte, ma perché?
EDIT (17 set): ora Update Manager è stato autorizzato e utilizza barre di scorrimento sovrapposte ( vedere questa revisione ). Synaptic è ancora nella lista nera.