Probabilmente i gestori di pacchetti più popolari sono apt-get, aptitude, synaptic e Software Center. Ce ne sono altri (Linux Mint ha i suoi, e alcuni sono progettati per KDE), ma questi sono quelli che incontrerai più spesso.
apt-get è un semplice strumento da riga di comando. È utile se conosci il nome esatto del pacchetto di ciò che vuoi installare e non vuoi perdere tempo facendo clic su una GUI per ottenerlo.
aptitude è molto simile a apt-get e ho sentito che si occupa meglio delle situazioni di dipendenza pazza. Qual è il migliore è discutibile.
synaptic è una GUI di basso livello. Questa è una buona scelta se sei un utente abbastanza avanzato ma non ti senti a tuo agio con le utility da riga di comando.
Software Center è una GUI di altissimo livello e di facile utilizzo. Il software è ben classificato in modo tale che, se non si è esattamente sicuri dell'app che si desidera, è possibile trovare rapidamente ciò di cui si ha bisogno. Il Software Center si distingue anche per il fatto che è l'unico gestore di pacchetti in questo elenco che consente di acquistare applicazioni commerciali.
dpkg è uno standard di gestione dei pacchetti di basso livello e poco utilizzato per la maggior parte dei sistemi basati su Debian. In realtà, apt-get, aptitude, synaptic e Ubuntu Software Center sono solo front-end per dpkg o apt, che è di per sé un front-end per dpkg.
In risposta alla tua domanda "qual è la scelta consigliata per la normale gestione dei pacchetti giorno per giorno", direi che Software Center è consigliato per la maggior parte degli usi. Man mano che acquisisci più esperienza, troverai utili alcune delle funzionalità dei gestori di pacchetti di livello inferiore.