Qual è il modo preferito per installare i pacchetti R in Ubuntu?

Sto installando in R in Ubuntu, ma sono un po 'confuso con le molte opzioni che ci sono per installare i pacchetti.

Il modo tradizionale è installarli, all'interno di R, facendo install.package(). Ubuntu offre comunque la possibilità di installare con apt-get. Questo è interessante poiché il sistema operativo manterrà i pacchetti aggiornati. Dato che hanno solo un paio di pacchetti disponibili, prima o poi creeranno problemi. Alla fine avrò i pacchetti di installazione nel modo tradizionale, facendoli installare in modi diversi e forse (?) Questo creerà anche problemi di versione.

Qual è il modo preferito per installare e conservare i pacchetti R in Ubuntu?

Penso che gli unici pacchetti R disponibili tramite i repository di Ubuntu siano i pacchetti gestiti dal team principale di sviluppo R. Come con la maggior parte dei pacchetti, quelli disponibili tramite apto synaptic non sono sempre le versioni più recenti. Fortunatamente hai la possibilità di aggiungere un'origine software gestita da CRAN creando un nuovo file /etc/apt/sources.list.d/CRAN.listcontenente una singola riga di testo:

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

(sostituisci trusty/con il nome in codice della tua distribuzione; se non lo conosci digita lsb_release -cin un terminale). Dopo di che (e una apt update) il vostro gestore di pacchetti sarà sempre installare (o aggiornamento) le versioni Cran-mantenuto su r-base, r-base-coree così via, perché avranno numeri di versione più elevati rispetto a quelli nelle fonti debian. Vedere qui se si aptlamenta che il repository non è stato firmato.

Per tutti gli altri pacchetti ("pacchetti contribuiti" di AKA), preferisco installare all'interno di R install.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package"))ogni volta che sia possibile, a meno che non sappia per certo che la versione su CRAN è vecchia e che una versione più recente ha funzionalità di cui ho bisogno. In tali casi è possibile installare da GitHub con devtools::install_github('AccountName/RepositoryName')o scaricare un archivio e installarlo da una finestra del terminale tramite R CMD INSTALL name_of_package.tar.gzo all'interno di R tramiteinstall.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source") .

Per completezza, ecco la guida ufficiale di CRAN .

Di solito installerei usando apt-get r-cran ogni volta che è possibile, poiché questo si occupa delle dipendenze e degli aggiornamenti in modo più pulito. Solo se non è disponibile userò install dall'interno di R.

Si noti che esistono due repository per i pacchetti R Debian:

1. R ufficiale: fornisce alcuni pacchetti. Per includerlo, è necessario aggiungere il collegamento al repository aggiornando il file source.list . Questo è documentato sulla pagina CRAN-ubuntu , quindi esegui apt-get update, quindi aggiorna

2. PPA: Michael Rutter fornisce un ppa , cran2deb4ubuntu , che contiene molti più pacchetti. Per alcuni documenti, vedere la fine di questo blog . Devi solo eseguire (quindi dopo l'aggiornamento / upgrade):

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u
   

Si noti che per R 3.5.0 il nome del repository è cambiato e le librerie Task Views precompilate da Michael Rutter sono ora disponibili da cran2deb4ubuntu_3.5