Il sistema esegue memoria?
Puoi dare un'occhiata /var/log/syslogper vedere se ricevi messaggi OOM(memoria insufficiente) durante l'ora del giorno in cui /etc/cron.daily/aptè in esecuzione.
/etc/cron.daily/apt viene eseguito alle 06:25, ma c'è uno sleep casuale nello script apt, quindi potrebbe essere fino a 1800 secondi dopo
Il comando free -msarà anche in grado di dirti quanta memoria libera hai e vmstat 5sarà in grado di mostrarti se hai molti scambi o movimenti di memoria in corso.
In questo caso, potresti cercare di aggiungere più swap , aggiungere più memoria o scoprire se sono in esecuzione processi non necessari che occupano tutta la tua memoria. (Un riavvio in caso di perdita di memoria)
Eseguire apt manualmente?
Hai provato a correre /etc/cron.daily/aptmanualmente per vedere se riesci ad aggiungere altri avvisi / errori?
Se stai eseguendo Ubuntu 14.04 LTS troverai una chiamata per la random_sleepsubroutine su line 425. Aggiungi a #su questa linea per non farlo dormire prima di una corsa.
Su Ubuntu 12.04 LTS lo è line 423. Ubuntu 16.04 LTS non dovrebbe avere questo file per quanto posso vedere.
Esegui /etc/cron.daily/aptcome root in questo modo:
root@hostname:~# /etc/cron.daily/apt
O con sudoquesto:
username@hostname:~$ sudo /etc/cron.daily/apt
Potrebbero esserci alcuni errori interessanti che ti indicano la giusta direzione o prova a cercare /var/log/syslogqualcosa di sospetto nel file.