Sto cercando di installare il pacchetto python rpy2con pip install su Ubuntu 16.04:

pip install rpy2==2.2.7

ma ricevi il messaggio di errore (vedi l'output completo di seguito):

Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-EuOI6K/unroll/

La stessa cosa accade con altri pacchetti, come pip install unrollo usando pip2. Pensavo che questo post fosse lo stesso problema, ma lì viene risolto usando sudo.

Soluzioni tentate

Ho provato le soluzioni in questo messaggio , come: pip install --upgrade setuptools, (sudo) easy_install -U setuptools, o sudo apt-get install python-setuptools, ma senza alcun risultato.

python / pip info

Qualcuno ha suggerito che potrei avere una strana installazione di Python / Pip, ecco alcune informazioni:

sudo which python pip pip2 | xargs -rd '\n' readlink -f 
/usr/bin/python2.7   
/usr/local/bin/pip  
/usr/local/bin/pip2  

sudo python --version   
Python 2.7.12  

sudo pip --version  
pip 9.0.1 from /home/matifou/.local/lib/python2.7/site-packages (python 2.7)  
/usr/bin/pip2 --version  
pip 8.1.1 from /usr/lib/python2.7/dist-packages (python 2.7)

ls -l $(which pip); dpkg -S /usr/bin/pip
-rwxr-xr-x 1 root root 204 Nov  8 16:24 /usr/local/bin/pip
python-pip: /usr/bin/pip

Uscita di errore completa

pip install rpy2 == 2.2.7  
Raccolta di rpy2 == 2.2.7 Utilizzo di rpy2-2.2.7.tar.gz memorizzato nella cache  
    Output completo dal comando python setup.py egg_info:
    in esecuzione egg_info
    creando pip-egg-info / rpy2.egg-info
    scrivere pip-egg-info / rpy2.egg-info / PKG-INFO
    scrivendo nomi di primo livello su pip-egg-info / rpy2.egg-info / top_level.txt
    scrivendo dependency_links su pip-egg-info / rpy2.egg-info / dependency_links.txt
    scrittura del file manifest 'pip-egg-info / rpy2.egg-info / SOURCES.txt'
    Traceback (ultima chiamata più recente):
      File "", riga 1, in 
      File "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", riga 462, in 
        [os.path.join ('doc', 'source', 'rpy2_logo.png')])],
      File "/usr/lib/python2.7/distutils/core.py", riga 151, nell'installazione
        dist.run_commands ()
      File "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", riga 953, in run_commands
        self.run_command (cmd)
      File "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", riga 972, in run_command
        cmd_obj.run ()
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
linea 280, in esecuzione
        self.find_sources ()
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
riga 295, in find_sources
        mm.run ()
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
linea 526, in corsa
        self.add_defaults ()
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
riga 562, in add_defaults
        sdist.add_defaults (auto)
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py",
riga 36, ​​in add_defaults
        self._add_defaults_ext ()
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py",
riga 119, in _add_defaults_ext
        build_ext = self.get_finalized_command ('build_ext')
      File "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", riga 312, in get_finalized_command
        cmd_obj.ensure_finalized ()
      File "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", riga 109, in sure_finalized
        self.finalize_options ()
      File "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", riga 155, in finalize_options
        config + = get_rconfig (r_home, circa)
      File "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", riga 319, in get_rconfig
        rc = RConfig.from_string (rconfig, allow_empty = allow_empty)
      File "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", riga 279, in from_string
        + '\ nin string \ n' + string)
    ValueError: sottostringa non valida
    -fopenmp
    in stringa
    -Wl, - export-dynamic -fopenmp -Wl, -Bsymbolic-funzioni -Wl, -z, relro -L / usr / lib / R / lib -lR -lpcre -llzma -lbz2 -lz -lrt -ldl -lm

Comando "python setup.py egg_info" non riuscito con codice di errore 1 in / tmp / pip-build-EkrbmM / rpy2 /

pip install unroll
Collecting unroll   Using cached unroll-0.1.0.tar.gz
    Complete output from command python setup.py egg_info:
    Downloading http://pypi.python.org/packages/source/d/distribute/distribute-0.6.14.tar.gz
    Traceback (most recent call last):
      File "", line 1, in 
      File "/tmp/pip-build-QimGjp/unroll/setup.py", line 2, in 
        ez_setup.use_setuptools()
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", line 145, in use_setuptools
        return _do_download(version, download_base, to_dir, download_delay)
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", line 124, in _do_download
        to_dir, download_delay)
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", line 193, in download_setuptools
        src = urlopen(url)
      File "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", line 154, in urlopen
        return opener.open(url, data, timeout)
      File "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", line 435, in open
        response = meth(req, response)
      File "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", line 548, in http_response
        'http', request, response, code, msg, hdrs)
      File "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", line 473, in error
        return self._call_chain(*args)
      File "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", line 407, in _call_chain
        result = func(*args)
      File "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", line 556, in http_error_default
        raise HTTPError(req.get_full_url(), code, msg, hdrs, fp)
    urllib2.HTTPError: HTTP Error 403: SSL is required

Comando "python setup.py egg_info" non riuscito con codice di errore 1 in tmp / pip-
accumulo QimGjp / unroll /

Aggiorna setuptoolsusandopip

La versione del python-setuptoolsrepository di pacchetti di Ubuntu 16.04 LTS è obsoleta / non mantenuta. Aggiornalo pipinvece di affidarti al gestore pacchetti:

$ sudo pip install --upgrade setuptools

Soluzione che ho preso per la mia domanda: le risposte proposte non hanno risolto il problema, quindi ho finito per usare conda, creando un ambiente specifico per il pacchetto di cui avevo bisogno, e questo ha funzionato! Questa non è la soluzione migliore, soprattutto perché richiede l'installazione di una versione parallela (puoi usare la miniconda per lo spazio) ma è pratica!

L'aggiornamento setuptoolsnon ha risolto il mio problema. Tuttavia, ha detto a pip di aggiornarsi.

Il seguente comando ha risolto il mio problema (da questa risposta )

pip install --upgrade pip

è necessario ottenere strumenti di installazione e probabilmente i moduli di sviluppo digitare quanto segue

sudo apt-get install python-setuptools
sudo apt-get install python-dev

potrebbe avere senso aggiornare pip prima per assicurarsi che non ci sia altro che un buon funzionamento, digitando

sudo apt install python-pip

in bocca al lupo