Ho cercato di parallelizzare il seguente script, in particolare ciascuna delle tre istanze del ciclo FOR, usando GNU Parallel, ma non sono stato in grado di farlo. I 4 comandi contenuti all'interno del ciclo FOR vengono eseguiti in serie, ogni ciclo impiega circa 10 minuti.

#!/bin/bash

kar='KAR5'
runList='run2 run3 run4'
mkdir normFunc
for run in $runList
do 
  fsl5.0-flirt -in $kar"deformed.nii.gz" -ref normtemp.nii.gz -omat $run".norm1.mat" -bins 256 -cost corratio -searchrx -90 90 -searchry -90 90 -searchrz -90 90 -dof 12 
  fsl5.0-flirt -in $run".poststats.nii.gz" -ref $kar"deformed.nii.gz" -omat $run".norm2.mat" -bins 256 -cost corratio -searchrx -90 90 -searchry -90 90 -searchrz -90 90 -dof 12 
  fsl5.0-convert_xfm -concat $run".norm1.mat" -omat $run".norm.mat" $run".norm2.mat"
  fsl5.0-flirt -in $run".poststats.nii.gz" -ref normtemp.nii.gz -out $PWD/normFunc/$run".norm.nii.gz" -applyxfm -init $run".norm.mat" -interp trilinear

  rm -f *.mat
done

Perché non li biforchi (aka. Sfondo)?

foo () {
    local run=$1
    fsl5.0-flirt -in $kar"deformed.nii.gz" -ref normtemp.nii.gz -omat $run".norm1.mat" -bins 256 -cost corratio -searchrx -90 90 -searchry -90 90 -searchrz -90 90 -dof 12 
    fsl5.0-flirt -in $run".poststats.nii.gz" -ref $kar"deformed.nii.gz" -omat $run".norm2.mat" -bins 256 -cost corratio -searchrx -90 90 -searchry -90 90 -searchrz -90 90 -dof 12 
    fsl5.0-convert_xfm -concat $run".norm1.mat" -omat $run".norm.mat" $run".norm2.mat"
    fsl5.0-flirt -in $run".poststats.nii.gz" -ref normtemp.nii.gz -out $PWD/normFunc/$run".norm.nii.gz" -applyxfm -init $run".norm.mat" -interp trilinear
}

for run in $runList; do foo "$run" & done

Nel caso in cui ciò non sia chiaro, la parte significativa è qui:

for run in $runList; do foo "$run" & done
                                   ^

Causare la funzione da eseguire in una shell biforcuta in background. È parallelo.

Attività di esempio

task(){
   sleep 0.5; echo "$1";
}

Esecuzioni sequenziali

for thing in a b c d e f g; do 
   task "$thing"
done

Piste parallele

for thing in a b c d e f g; do 
  task "$thing" &
done

Esecuzioni parallele in batch N-process

N=4
(
for thing in a b c d e f g; do 
   ((i=i%N)); ((i++==0)) && wait
   task "$thing" & 
done
)

È anche possibile utilizzare FIFO come semafori e utilizzarli per garantire che i nuovi processi vengano generati il ​​più presto possibile e che non vengano eseguiti più di N processi contemporaneamente. Ma richiede più codice.

N processi con un semaforo basato su FIFO:

open_sem(){
    mkfifo pipe-$$
    exec 3<>pipe-$$
    rm pipe-$$
    local i=$1
    for((;i>0;i--)); do
        printf %s 000 >&3
    done
}
run_with_lock(){
    local x
    read -u 3 -n 3 x && ((0==x)) || exit $x
    (
     ( "$@"; )
    printf '%.3d' $? >&3
    )&
}

N=4
open_sem $N
for thing in {a..g}; do
    run_with_lock task $thing
done 

for stuff in things
do
( something
  with
  stuff ) &
done
wait # for all the something with stuff

Se funziona davvero dipende dai tuoi comandi; Non li conosco. La rm *.matsembra un po 'incline a conflitti se si corre in parallelo ...

for stuff in things
do
sem -j+0 ( something
  with
  stuff )
done
sem --wait

Questo utilizzerà semafori, parallelizzando quante più iterazioni quanti sono i core disponibili (-j +0 significa che parallelizzerai i lavori N + 0 , dove N è il numero di core disponibili ).

sem --wait dice di attendere che tutte le iterazioni nel ciclo for abbiano terminato l'esecuzione prima di eseguire le successive righe di codice.

Nota: sarà necessario "parallel" dal progetto parallelo GNU (sudo apt-get install parallel).

Un modo davvero semplice che uso spesso:

cat "args" | xargs -P $NUM_PARALLEL command

Questo eseguirà il comando, passando su ciascuna riga del file "args", in parallelo, eseguendo al massimo $ NUM_PARALLEL contemporaneamente.

Puoi anche esaminare l'opzione -I per xargs, se devi sostituire gli argomenti di input in posti diversi.

Sembra che i lavori fsl dipendano l'uno dall'altro, quindi i 4 lavori non possono essere eseguiti in parallelo. Le corse, tuttavia, possono essere eseguite in parallelo.

Crea una funzione bash eseguendo una singola corsa ed esegui quella funzione in parallelo:

#!/bin/bash

myfunc() {
    run=$1
    kar='KAR5'
    mkdir normFunc
    fsl5.0-flirt -in $kar"deformed.nii.gz" -ref normtemp.nii.gz -omat $run".norm1.mat" -bins 256 -cost corratio -searchrx -90 90 -searchry -90 90 -searchrz -90 90 -dof 12 
    fsl5.0-flirt -in $run".poststats.nii.gz" -ref $kar"deformed.nii.gz" -omat $run".norm2.mat" -bins 256 -cost corratio -searchrx -90 90 -searchry -90 90 -searchrz -90 90 -dof 12 
    fsl5.0-convert_xfm -concat $run".norm1.mat" -omat $run".norm.mat" $run".norm2.mat"
    fsl5.0-flirt -in $run".poststats.nii.gz" -ref normtemp.nii.gz -out $PWD/normFunc/$run".norm.nii.gz" -applyxfm -init $run".norm.mat" -interp trilinear
}

export -f myfunc
parallel myfunc ::: run2 run3 run4

Per saperne di più guarda i video introduttivi: https://www.youtube.com/playlist?list=PL284C9FF2488BC6D1 e trascorri un'ora camminando attraverso il tutorial http://www.gnu.org/software/parallel/parallel_tutorial.html Il tuo comando la linea ti amerà per questo.

Esecuzione parallela in max N-process simultaneo

#!/bin/bash

N=4

for i in {a..z}; do
    (
        # .. do your stuff here
        echo "starting task $i.."
        sleep $(( (RANDOM % 3) + 1))
    ) &

    # allow only to execute $N jobs in parallel
    if [[ $(jobs -r -p | wc -l) -gt $N ]]; then
        # wait only for first job
        wait -n
    fi

done

# wait for pending jobs
wait

echo "all done"

Mi piace molto la risposta di @lev in quanto fornisce il controllo sul numero massimo di processi in modo molto semplice. Tuttavia, come descritto nel manuale , sem non funziona con parentesi.

for stuff in things
do
sem -j +0 "something; \
  with; \
  stuff"
done
sem --wait

Fa il lavoro.

-j + N Aggiungi N al numero di core della CPU. Esegui fino a questi molti lavori in parallelo. Per lavori ad alta intensità di calcolo -j +0 è utile in quanto eseguirà contemporaneamente lavori con numero di core cpu.

-j -N Sottrae N dal numero di core della CPU. Esegui fino a questi molti lavori in parallelo. Se il numero valutato è inferiore a 1, verrà utilizzato 1. Vedi anche --use-cpus-invece-di-core.

Nel mio caso, non posso usare il semaforo (sono in git-bash su Windows), quindi ho trovato un modo generico per dividere l'attività tra N lavoratori, prima che inizino.

Funziona bene se le attività richiedono all'incirca la stessa quantità di tempo. Lo svantaggio è che, se uno dei lavoratori impiega molto tempo a svolgere la propria parte del lavoro, gli altri che hanno già terminato non saranno d'aiuto.

Dividere il lavoro tra N lavoratori (1 per nucleo)

# array of assets, assuming at least 1 item exists
listAssets=( {a..z} ) # example: a b c d .. z
# listAssets=( ~/"path with spaces/"*.txt ) # could be file paths

# replace with your task
task() { # $1 = idWorker, $2 = asset
  echo "Worker $1: Asset '$2' START!"
  # simulating a task that randomly takes 3-6 seconds
  sleep $(( ($RANDOM % 4) + 3 ))
  echo "    Worker $1: Asset '$2' OK!"
}

nVirtualCores=$(nproc --all)
nWorkers=$(( $nVirtualCores * 1 )) # I want 1 process per core

worker() { # $1 = idWorker
  echo "Worker $1 GO!"
  idAsset=0
  for asset in "${listAssets[@]}"; do
    # split assets among workers (using modulo); each worker will go through
    # the list and select the asset only if it belongs to that worker
    (( idAsset % nWorkers == $1 )) && task $1 "$asset"
    (( idAsset++ ))
  done
  echo "    Worker $1 ALL DONE!"
}

for (( idWorker=0; idWorker<nWorkers; idWorker++ )); do
  # start workers in parallel, use 1 process for each
  worker $idWorker &
done
wait # until all workers are done

Ho avuto problemi con @PSkocikla soluzione. Il mio sistema non ha GNU Parallel disponibile come pacchetto e semha generato un'eccezione quando l'ho creato ed eseguito manualmente. Ho quindi provato anche l'esempio del semaforo FIFO che ha anche gettato alcuni altri errori riguardanti la comunicazione.

@eyeApps mi ha suggerito xargs ma non sapevo come farlo funzionare con il mio caso d'uso complesso (gli esempi sarebbero i benvenuti).

Ecco la mia soluzione per lavori paralleli che elaborano fino a Nlavori contemporaneamente configurati da _jobs_set_max_parallel:

_lib_jobs.sh:

function _jobs_get_count_e {
   jobs -r | wc -l | tr -d " "
}

function _jobs_set_max_parallel {
   g_jobs_max_jobs=$1
}

function _jobs_get_max_parallel_e {
   [[ $g_jobs_max_jobs ]] && {
      echo $g_jobs_max_jobs

      echo 0
   }

   echo 1
}

function _jobs_is_parallel_available_r() {
   (( $(_jobs_get_count_e) < $g_jobs_max_jobs )) &&
      return 0

   return 1
}

function _jobs_wait_parallel() {
   # Sleep between available jobs
   while true; do
      _jobs_is_parallel_available_r &&
         break

      sleep 0.1s
   done
}

function _jobs_wait() {
   wait
}

Esempio di utilizzo:

#!/bin/bash

source "_lib_jobs.sh"

_jobs_set_max_parallel 3

# Run 10 jobs in parallel with varying amounts of work
for a in {1..10}; do
   _jobs_wait_parallel

   # Sleep between 1-2 seconds to simulate busy work
   sleep_delay=$(echo "scale=1; $(shuf -i 10-20 -n 1)/10" | bc -l)

   ( ### ASYNC
   echo $a
   sleep ${sleep_delay}s
   ) &
done

# Visualize jobs
while true; do
   n_jobs=$(_jobs_get_count_e)

   [[ $n_jobs = 0 ]] &&
      break

   sleep 0.1s
done