Ho avuto problemi simili prima ma non ricordo come l'ho risolto.
Quando provo a copiare qualcosa su chiavetta USB, con FAT, si ferma vicino alla fine, a volte al 100%. E, naturalmente, quando trasferisco la memory stick da qualche altra parte, non contiene file completi. (il file è un film!)
Ho provato a montare il dispositivo con mount -o flush, ma ho lo stesso problema.
Inoltre, ho formattato la chiavetta USB con la nuova partizione FAT ...
Hai idea di cosa faccio?
ps Credo che non sia correlato al sistema operativo, che è Debian, e credo che il coping dall'unità SSD non lo blocchi.