Estrazione di file .gz contenuti in una cartella

Ho una cartella contenente circa 320116 file .pdb.gz. Voglio decomprimerli tutti. Se uso gunzip * .gz mi dà un errore, ovvero un elenco di argomenti troppo lungo. La cartella è di circa 2 GB. Per favore, dammi un suggerimento appropriato.

find . -name '*.pdb.gz' -exec gunzip {} +

-exec gunzip {} +fornirà gunzipmolti ma non troppi nomi di file sulla sua riga di comando. Questo è più efficiente di quello -exec gunzip {} \;che avvia un nuovo gunzipprocesso per ogni singolo file.

Ogni volta che si ottengono errori "Elenco argomenti troppo lungo" è possibile aggirare il problema invocando il comando desiderato più volte, ogni volta con un sottoinsieme degli argomenti che si desidera utilizzare. xargsè uno strumento che ti aiuta a farlo automaticamente.

find . -type f -a -name \*.pdb.gz -print0 | xargs -0 gunzip

Penso che dovrebbe funzionare, passa il percorso / nome di ogni file singolarmente a gunzip per l'elaborazione:

find /my/dir -name "*.pdb.gz" -execdir gunzip "{}" \;

Prova in questo modo:

find . -name '*.gz' -exec gunzip {} \;

Se hai una macchina multi-core probabilmente vedrai che l'utilizzo gunzipnon massimizzerà le capacità della tua macchina. Per questo dovresti eseguire più gunzips in parallelo. Tenere traccia di ciò che viene fatto in quale terminale a mano è ingombrante, ma puoi farlo facilmente con GNU parallelo:

find . -name "*.gz" | parallel -X gunzip {}

Non è necessario usarlo findper questo, poiché non hai menzionato le sottocartelle. Quello che devi fare è:

for f in *.gz;do gunzip $f;done