tmux sta facendo sì che anaconda usi una diversa fonte di Python

Ok, quindi sono nel mio ambiente di anaconda e ho eseguito quale pitone. ottengo

/home/comp/anaconda3/envs/env1/bin/python

Ora se avvio tmux, eseguo source activ env1, quindi quale pitone ottengo

/home/comp/anaconda3/bin/python

anche se ho attivato il mio ambiente. Come posso fare in modo che anaconda veda lo stesso percorso all'interno di tmux?

La soluzione sembra essere quella di disattivare l'ambiente conda, quindi avviare tmux, quindi riattivare l'ambiente all'interno di tmux.

Mi viene in mente dopo aver avviato una sessione di Tmux (senza che conda abbia un ambiente attivo).

La prima volta che faccio all'interno della sessione di Tmux:

conda activate myEnv

ottengo

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

Se invece lo faccio:

source deactivate
conda activate myEnv

Tutto funziona bene. which pythonindica il percorso corretto.

Questo comportamento è causato dall'approvvigionamento di TMux ~/.profileanziché ~/.bashrc. Il mio ~/.profileè questo:

# if running bash
if [ -n "$BASH_VERSION" ]; then
    # include .bashrc if it exists
    if [ -f "$HOME/.bashrc" ]; then
    . "$HOME/.bashrc"
    fi
fi

# set PATH so it includes user's private bin if it exists
if [ -d "$HOME/bin" ] ; then
    PATH="$HOME/bin:$PATH"
fi

# set PATH so it includes user's private bin if it exists
if [ -d "$HOME/.local/bin" ] ; then
    PATH="$HOME/.local/bin:$PATH"
fi

Puoi vedere che prima ~/.bashrc proviene e poi ~/bin e ~/.local/binviene anteposto . Come ho sperimentato me stesso , questo provoca il condasinghiozzo.

La soluzione sarebbe quella di commentare i due blocchi manipolando PATH ~/.profile.

Modifica (2019/09/24): sembra ancora meglio configurare TMux in modo tale da non generare una shell di accesso ma solo una normale. Vedi le risposte per la domanda collegata.

In esecuzione:

conda activate env1

Invece di:

source activate env1

Quando dentro tmux ha funzionato per me.

Trovo che tmux chiamerà sempre il profilo per la tua shell, non solo l'rc. Quindi se stai usando bash come faccio io, chiamerà / etc / profile, che avrà una chiamata a path_helper.

Per risolvere questo problema, cambia /etc/profilein:

if [[ -z $TMUX ]] && [ -x /usr/libexec/path_helper ]; then
        eval `/usr/libexec/path_helper -s`
fi

Se stai usando bash, cambia anche qualsiasi export PATH=$PATH:/fooin .bashrcin

if [[ -z $TMUX ]]; then
  export PATH=$PATH:/foo
fi

quindi riavvii il terminale (ad esempio Iterm). Tutto dovrebbe andare bene!

nano ~/.bash_profile

Aggiungi le seguenti righe:

source deactivate env1
source activate env1

ha funzionato per me.