file cat in ordine specifico in base al numero nel nome file

Ho file denominati file.88_0.pdb, file.88_1.pdb, ..., file.88_100.pdb. catLi voglio in modo che file.88_1.pdbvengano incollati dopo file.88_0.pdb, file.88_2.pdbdopo file.88_1.pdbe così via. In tal caso cat file.88_*.pdb > all.pdb, i file vengono riuniti nel seguente ordine:, 0 1 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 2 20...ecc. Come li metto insieme in modo che l'ordine sia 0 1 2 3 4 5 6...?

Uso brace expansion

cat file.88_{0..100}.pdb >>bigfile.pdb

Per ignorare la stampa dei messaggi di errore per i file inesistenti utilizzare:

cat file.88_{0..100}.pdb >>bigfile.pdb 2>/dev/null

Nella zshshell hai anche il (n)qualificatore globbing per richiedere un ordinamento numerico (al contrario del default alfabetico ) per globs:

cat file.88_*.pdb(n) >>bigfile.pdb 2>/dev/null

cat $(for((i=0;i<101;i++)); do echo -n "file.88_${i}.pdb "; done)

oppure, per quanto riguarda il commento di Jesse_b:

cat $(for((i=0;i<101;i++)); do test -f "file.88_${i}.pdb" && echo -n "file.88_${i}.pdb "; done)

In shell senza espansione parentesi puoi usare ls+ xargs:

ls -v file.88_*.pdb | xargs cat > all.pdb

Ordina i file in ordine numerico:

-v ordinamento naturale di numeri (versione) all'interno del testo.

Provare:

filedir="/path/to/files"
output="/path/to/all.pdb"
for file in $(find $filedir -type f -name "file.88_*" | sort -t "_" -k2 -n); do
    cat $file >> $output
done

Questo è stato in grado di accedere ai sortfile dal -k2secondo campo ( ) usando _come separatore. Qui devi usare >>altrimenti ogni nuovo file sovrascriverà l'ultimo.