La modalità protetta 286 (PM) è sostanzialmente diversa da quella offerta dalla 386. Pensa al 286 PM come a un prototipo, che aveva così tanti difetti che quasi nessuno lo usò mai, e il tutto fu completamente ridisegnato da zero per il 386.
Non utilizzava un modello di memoria piatta, utilizzava un modello segmentato come la modalità reale, il che significava che dovevi saltare attraverso i cerchi per accedere alla memoria in blocchi più grandi di 64 KB alla volta.
Era completamente incompatibile con tutti i programmi (MS-DOS) disponibili al momento, quindi una volta entrati in PM non potevi usare nessuno dei programmi a cui eri abituato.
Inoltre, non è possibile uscire nuovamente dalla modalità protetta se non si riavvia il PC, quindi i produttori hanno escogitato soluzioni creative come mettere un flag nella RAM, quindi scrivere un valore magico sul controller della tastiera, che farebbe scorrere il pin di ripristino sulla CPU per riavviare il macchina. La prima cosa che il BIOS farebbe sarebbe rilevare il flag impostato in precedenza, dove sarebbe quindi tornare al programma originale invece di eseguire la routine POST, consentendo al programma originale di continuare a funzionare dopo aver "chiuso" PM.
Ciò significa che l'uso del 286 PM ti ha impedito di eseguire i normali programmi DOS senza un gran numero di trucchi. In un momento in cui c'erano solo programmi DOS, non valeva affatto la pena di usare PM.
Quindi è diventato più complicato lavorare con il 286 PM piuttosto che vivere senza di esso e fare affidamento su EMS e XMS per accedere alla memoria aggiuntiva. Numerose 286 schede madri avevano il supporto del chipset per EMS in modo da poter utilizzare tutta la memoria di sistema aggiuntiva senza la necessità di PM.
Intel ha riconosciuto queste carenze e ha prodotto un nuovissimo PM completamente diverso nel 386. Il modello di memoria piatta semplifica l'accesso alla memoria in un blocco fino a 4 GB. La CPU può entrare e uscire da PM con un paio di istruzioni, quindi non sono necessari protocolli di riavvio goffi. VM86 significa che la maggior parte delle volte non è nemmeno necessario uscire da PM, è possibile eseguire programmi DOS mentre si è ancora in PM.
Tutti questi miglioramenti hanno fatto sì che il 386 PM non fosse solo più funzionale, ma anche significativamente più compatibile.
In altre parole, l'unica cosa in comune tra la modalità protetta 286 e 386 è il nome. Questo è il motivo per cui i sistemi operativi PM sono in genere 386 o più recenti. L'aggiunta del supporto per il 286 PM sarebbe uno sforzo completamente indipendente, con poco o nessun codice in grado di essere condiviso con il 386 PM completamente diverso.
Al contrario, il 386 PM funziona più o meno allo stesso modo fino all'ultima delle CPU a 32 bit, e anche oltre se si esegue software a 32 bit su CPU a 64 bit.