Se il sistema operativo di un host è stato reinstallato e la sua chiave pubblica è stata rigenerata, ovviamente fallirà perché la nuova chiave non corrisponde a quella precedente.
C'è un modo più semplice per dire a ssh che sai che la chiave dell'host è cambiata e che vuoi che sia aggiornata. Penso che sia un po 'soggetto a errori usare un editor di testo o qualcosa come sed per rimuovere la linea offensiva.