Ho fatto esattamente questa cosa molto recentemente.
Ho compilato openssl-1.0. Qualcosa dalla sorgente su un sistema Linux Slackware 11.0. Volevo patchare la cosa login-by-password per mettere in pausa per 7 secondi su un login fallito, in modo da tarpitare quei fastidiosi indovinatori di password ssh cinesi.
Ho compilato Apache httpd 2.2.17 sullo stesso sistema Slackware 11.0 perché fornito con Apache 2.0.something e volevo usare un file httpd.conf 2.2.x di un altro sistema.
Vieni a pensarci bene, ho anche compilato Alpine 2.0 (client di posta elettronica, follow-up di pino) per lo stesso sistema. Perché Slackware 11.0? Funziona su una macchina del 2003 con la grafica "Brookdale" di Intel e qualsiasi Slackware successivo non supporta la grafica Intel scarsamente documentata.
Su una macchina diversa, ho rimosso il supporto per chip wireless TI ACX111 da github e ho compilato un nuovo driver, permettendomi di utilizzare una scheda wireless da $ 9.
Inoltre, ricompilo abitualmente i kernel Linux per renderli specifici della macchina su cui girano.
Quindi nel mio caso sono vari motivi di personalizzazione, supporto hardware e "solo perché".
Dato ciò che sappiamo dell'epidemiologia in una popolazione uniforme (http://www.usenix.org/publications/login/2005-12/openpdfs/geer.pdf) perché non tutti compilano dalla fonte sui propri sistemi, con qualunque cosa opzioni di compilazione che scelgono? Ciò renderebbe una popolazione molto più resistente a virus e worm.