Unix & Linux bioinformatics

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Come unire due file in base alla corrispondenza di due colonne?

Ho file1 "Mi piace": 0 AFFX-SNP-000541 NA 0 AFFX-SNP-002255 NA 1 rs12103 0.6401 1 rs12103_1247494 0.696 1 rs12142199 0.7672 E un file2: 0 AFFX-SNP-000541 1 0 AFFX-SNP-002255 1 1 rs12103 0.5596 1 rs12103_1247494 0.5581 1 rs12142199 0.4931 E vorrebbe un file3 tale che: 0 AFFX-SNP-000541 NA 1 0 AFFX-SNP-002255 NA …

33 text-processing awk join bioinformatics

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Esecuzione di un comando su molti file

Ho una cartella con molti file (xyz1, xyz2, fino a xyz5025) e ho bisogno di eseguire uno script su ognuno di essi, ottenendo xyz1.faa, xyz2.faa e così via come output. Il comando per un singolo file è: ./transeq xyz1 xyz1.faa -table 11 C'è un modo per farlo automaticamente? Forse una …

19 shell-script text-processing files scripting bioinformatics

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La migliore distribuzione Linux per il calcolo scientifico? [chiuso]

Allo stato attuale, questa domanda non è adatta al nostro formato di domande e risposte. Ci aspettiamo che le risposte siano supportate da fatti, riferimenti o competenze, ma questa domanda probabilmente solleciterà dibattiti, argomenti, sondaggi o discussioni estese. Se ritieni che questa domanda possa essere migliorata e possibilmente riaperta, visita …

19 linux distribution-choice bioinformatics

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Come contare il numero di caratteri in una riga, tranne un carattere specifico?

Questo è un file di parti N W N N N N N N N N N N C N N N N N N N N N N A N N N N N N N N N N N N N N N N N N N N …

9 text-processing bioinformatics

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Rimozione di righe contenenti NA in ogni colonna

Ho un file delimitato da tabulazioni che assomiglia a questo: gene v1 v2 v3 v4 g1 NA NA NA NA g2 NA NA 2 3 g3 NA NA NA NA g4 1 2 3 2 Il numero di campi in ogni riga è fisso e uguale. Voglio rimuovere quelle righe …

8 text-processing awk perl bioinformatics

Domande taggate «bioinformatics»