Supponendo che tu abbia installato Python, puoi usare getyoutubecc , che è uno script Python.
L'esecuzione è la seguente
>> python getyoutubecc Akqkvx407c8
Quindi mantieni il video e .srt nella stessa cartella e dovresti essere in grado di riprodurre in VLC.
Per un modo non tecnico, prova uno dei siti di conversione come http://mo.dbxdb.com/ , che scaricherà il file .srt in una zip.

Seleziona la traccia dal file zip

E poi dovresti vedere apparire i sottotitoli

Per i video con più tracce dovrai scavare e salvarlo da .xml a .srt manualmente, non esiste uno strumento già pronto sul web
http://video.google.com/timedtext?lang=<LANG>&v=<VIDEOID>
Dove può essere en
per l'inglese, it
per l'italiano e de
per il tedesco.
<VIDEOID>
è l'id del tuo video di Youtube.
Per alcuni video , sembra necessario specificare il nome della traccia dei sottotitoli, come visto sulla pagina Youtube del video, come terzo argomento:
http://video.google.com/timedtext?lang=<LANG>&v=<VIDEOID>&name=<NAME>