Riepilogo: non gettare l'acqua in ammollo.
In primo luogo, per affrontare il problema della sicurezza alimentare, la fitoemagglutinina viene gradualmente distrutta da temperature superiori a 175F circa. La FDA ha fatto riferimento a studi (vedi pagg. 254-256) che mostrano che 10 minuti di ebollizione distruggeranno completamente qualsiasi tossina presente nei fagioli, sebbene raccomandino 30 minuti a temperature di ebollizione per essere sicuri. Sì, alcuni studi hanno raccomandato di scartare l'acqua in ammollo per ridurre la quantità di tossine prima della cottura, ma non è necessario fino a quando si è certi di avere i fagioli quasi o bollenti per almeno una parte del tempo di cottura.
Inoltre, solo per chiarire la tua affermazione sulle temperature vicino a 170F che aumentano la tossina - è vero che i fagioli crudi che non raggiungono mai temperature più elevate rilasceranno più tossina rispetto ai fagioli crudi. Tuttavia, nella letteratura non vedo nulla che suggerisca un problema se i fagioli trascorrono un po 'di tempo a quella temperatura purché trascorrano almeno 10 minuti (e preferibilmente 30 minuti) vicino all'ebollizione durante la cottura. (Fintanto che i fagioli cuociono attivamente a fuoco lento per buona parte del tempo di cottura, la tossina dovrebbe degradarsi: il vero problema si presenta con pentole a cottura lenta che non raggiungono mai un'ebollizione o addirittura una cottura decente e potrebbero mantenere una temperatura costante che non supera mai 180F per distruggere la tossina.)
Infine, dovrei anche notare che hai chiesto informazioni sui fagioli neri e la preoccupazione per la fitoemagglutinina è maggiore per i fagioli rossi e alcuni altri fagioli correlati in cui la concentrazione è particolarmente elevata. Quindi a volte ci sono raccomandazioni per scartare l'acqua ammollo per quei tipi di fagioli specifici . La concentrazione è significativamente più bassa nei fagioli neri e mentre ci sono molte altre lectine nei fagioli neri di cui preoccuparsi, purché siano cotte a fondo, compresa l'ebollizione per almeno 10 minuti, non c'è motivo di preoccuparsi.
Per quanto riguarda le altre tue domande su sostanze nutritive, agenti che causano flatulenza, ecc. E l'acqua in ammollo, cito Harold McGee (a cui si fa riferimento anche in uno dei tuoi link utili) da On Food and Cooking (pagg. 486-487):
Un metodo comunemente usato per ridurre la gassosità dei fagioli è farli bollire brevemente in acqua in eccesso, lasciarli riposare per un'ora, quindi scartare l'acqua ammollo e iniziare la cottura con acqua fresca. Questo elimina la maggior parte degli oligosaccaridi solubili in acqua, ma rilascia anche quantità significative di vitamine, minerali, zuccheri semplici e pigmenti idrosolubili, ovvero nutrienti, aroma, colore e antiossidanti. È un prezzo elevato da pagare. Un'alternativa è la semplice cottura prolungata, che aiuta alla fine abbattendo gran parte degli oligosaccaridi e dei cementi delle pareti cellulari in zuccheri singoli digeribili.
In linea con i consigli di McGee, di solito non mi preoccupo più di ammollo, poiché più a lungo cucino i fagioli, più rompo gli elementi che causano gas. (Inoltre, tranne in casi insoliti, trovo l'ammollo - anche a lungo termine - raramente mi fa risparmiare più di 30-45 minuti di cottura, e per i fagioli ho intenzione di cuocere a fuoco lento per alcune ore comunque, che non sembra aiutare molto.) Indipendentemente da ciò, non scartare mai l'acqua di ammollo, poiché preferisco preservare il sapore e le sostanze nutritive.
Alcune persone trovano ancora che l'ammollo per un breve periodo migliorerà la consistenza finale o impedirà ai fagioli di scoppiare o rompersi o altro. Se scopri che fa la differenza, immergiti. Ma a parte uno strano lotto qua e là, ho scoperto che i migliori fagioli strutturati che ho fatto in genere non sono stati per niente bagnati.
Un altro punto minore è che, mentre a volte uso il forno per cucinare i fagioli, non c'è motivo di non cuocerli a fuoco finché si usa una pentola pesante. Se sei davvero preoccupato per le tossine, portale a ebollizione presto (mentre c'è ancora molto liquido), ma dopo 10-30 minuti, puoi ridurle a fuoco lento. A meno che tu non tenda a cuocere i fagioli al punto che scoppiano e causano un significativo addensamento del liquido, non dovresti aver bisogno di mescolarli spesso (o affatto) per evitare che si attacchino.
Puoi aggiungere pomodori o altri ingredienti leggermente acidi una volta che i fagioli sono quasi finiti, diciamo per gli ultimi 30 minuti circa. Hai ragione a non aggiungerli all'inizio, ma aggiungerli un po 'prima della fine può consentire agli aromi di permeare maggiormente i fagioli (se lo desideri). Inoltre, l'aggiunta di piccole quantità di acido verso la fine rafforzerà in qualche modo i fagioli e preserverà la loro struttura anche se li cuoci troppo.
Altrimenti, concordo sostanzialmente con tutte le tue idee, che sembrano ben studiate. Troverai consigli simili forniti in molte altre domande qui.